1.tRNAScan-SE在线预测 2.tRNAscan-SE下载安装 3.tRNAscan-SE-2.0参数 4.示例 5.参考 网址:tRNAscan-SE Search Server 非编码RNA(ncRNA)是由基因组转录而成的不编码蛋白质的 RNA 分子。ncRNA可分为基础结构型和调控型两种,基础结构型包括rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA等,调控型由long ncRNAs(>200nt)和Small ncRNAs...
tRNAscan-SE -qQ -Y -o# -m# -f# -l# -c tRNAscan-SE.conf -B -s# (fasta file) 设置2:Legacy(tRNAscan+Eufindtran -> cove) -:返回39个结果 tRNAscan-SE -qQ -Y -o# -m# -f# -l# -c tRNAscan-SE.conf -L -B -s# (fasta file) 设置3:不适用过滤算法,等了30min还在计算,果然很慢...
基因组中tRNA基因的预测注释一般使用tRNAscan-SE软件,该软件实际上是一个 perl 脚本,整合了 tRNAscan、EufindRNA和 Cove 三个独立的 tRNA 检测软件。tRNAscan-SE 先通过 tRNAscan 和 EufindRNA 两个模块鉴定基因组序列中的tRNA 区域,然后通过 Cove 模块进行验证。这样既综合了前者的识别的准确性,又保证了较低的假...
tRNAscan-SE是一款可以在基因组上扫描tRNA的序列,也就是说你给定一组基因序列(fasta数据格式),可以用这个软件去预测这个序列是不是tRNA.具体的实现原理,我不搞生物,所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下运行的。 tRNAscan-SE有两种使用方法。 1)tRNAscan-SE的网页版(http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE),...
tRNAscan-SE工具介绍 tRNAscan-SE是一款用于基因组注释tRNA分子的软件,适用于真核、细菌、古细菌以及线粒体等。 tRNAscan-SE的安装以及应用如下图所示: tRNAscan-SE案例演示: 下期预告 微课堂:BWA——国家微生物科学数据中心云工具,敬请关注。 来国家微生物科学数据中心http://nmdc.cn/,获取更多精彩内容。
非编码RNA种类繁多,且结构特征各不相同,不像编码基因一样具有典型的结构特征,所以目前现有的非编码预测软件一般只是专门针对某一种类的非编码RNA,比如tRNAScan-SE预测tRNA、rnammer预测rRNA、snoScan 搜索带C/D盒的snoRNAs、SnoGps 搜索带H/ACA盒的snoRNAs、mirScan 搜索microRNA等。
$ mkdir tRNAscan-SE-2.0_installed # 跳过此操作安装在解压目录下也可以 $ ./configure --prefix=/user/software/tRNAscan-SE-2.0_installed $ make && make install # 添加bashrc【建议】或者terminal运行 export PATH=/user/software/tRNAscan-SE-2.0_installed/bin:$PATH ...
tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图所示,只需要输入fasta 格式的序列,选择对应的物种类型和其他的一些选项,点击运行按钮即可 结果界面如下: 首先是预测的tRNA基因 ...
tRNAscan-SE 会根据反义密码子和 Isotype Model 两种方法预测tRNA的类型,对于每个tRNA, 分别给出反义密码子和 Isotype Model 预测的结果,以及两种结果预测的一致性,其中isotype model 会对每一种氨基酸进行打分,选得分最高的作为最终的结果 3. tRNA 二级结构 ...
tRNAscan-SE 会根据反义密码子和 Isotype Model 两种方法预测tRNA的类型,对于每个tRNA, 分别给出反义密码子和 Isotype Model 预测的结果,以及两种结果预测的一致性,其中isotype model 会对每一种氨基酸进行打分,选得分最高的作为最终的结果 3. tRNA 二级结构 ...