目录 收起 1.tRNAScan-SE在线预测 2.tRNAscan-SE下载安装 3.tRNAscan-SE-2.0参数 4.示例 5.参考 网址:tRNAscan-SE Search Server非编码RNA(ncRNA)是由基因组转录而成的不编码蛋白质的 RNA 分子。ncRNA可分为基础结构型和调控型两种,基础结构型包括rRNA、tRNA、snRNA...
tRNAscan-SE提供在线版和本地版两个版本。 1.1 在线版tRNAscan-SE 在线版本的网址:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如上图所示,只需要设置Sequence Source和Search Mode两个简单参数,就可以对输入的FASTA文件或者Raw Sequence进行tRNA预测注释。 利用在线版提供的示例序列输入进行预测: 1>MySeq1 2GTTTCTGCGT...
tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图所示,只需要输入fasta 格式的序列,选择对应的物种类型和其他的一些选项,点击运行按钮即可 结果界面如下: 首先是预测的tRNA基因 表头解释如下: Sequence Name : 输入的用于预...
http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/index.html 官网提供了在线服务,如下图所示,只需要输入fasta 格式的序列,选择对应的物种类型和其他的一些选项,点击运行按钮即可 输出结果分为以下几个部分 1. 预测的tRNA基因列表 表头解释如下: Sequence Name : 输入的用于预测tRNA的序列名称 tRNA : 预测到...
tRNAscan是一款tRNA预测工具,支持不同类型基因组的tRNA预测,包括以下四种类型 eukaryotic tRNAs bacterial tRNAs archaeal tRNAs mitochondrial tRNAs 官网链接如下 http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/index.html 官网提供了在线服务,如下图所示,只需要输入fasta 格式的序列,选择对应的物种类型和其他的一些选项,点击运行...
$ cd tRNAscan-SE-1.3.1 Edit the top of the Makefile. $ nano Makefile Set the paths and other make variables to suit your system. In particular, you need to specify: where executables are to be installed where data files are to be installed ...
tRNAscan-SE 顾名思义,做tRNA基因预测 , 最新版本 v.1.2 中使用了perl 老版本特性”$[“,使用该软件时最好把Perl版本调成老版本(使用Perlbrew),技巧:最好把长序列截短成有 1 kb 相互交叠的序列可以提速,要不有的序列可能要跑上几天都不出结果,我一个1M的序列跑了2天都不出结果的。 ...
tRNAscan是一款tRNA预测工具,支持不同类型基因组的tRNA预测,包括以下四种类型 eukaryotic tRNAs bacterial tRNAs archaeal tRNAs mitochondrial tRNAs 官网链接如下 http://lowelab./tRNAscan-SE/index.html 官网提供了在线服务,如下图所示,只需要输入fasta 格式的序列,选择对应的物种类型和其他的一些选项,点击运行按钮即可...
非编码RNA种类繁多,且结构特征各不相同,不像编码基因一样具有典型的结构特征,所以目前现有的非编码预测软件一般只是专门针对某一种类的非编码RNA,比如tRNAScan-SE预测tRNA、rnammer预测rRNA、snoScan 搜索带C/D盒的snoRNAs、SnoGps 搜索带H/ACA盒的snoRNAs、mirScan 搜索microRNA等。