目录 收起 1.tRNAScan-SE在线预测 2.tRNAscan-SE下载安装 3.tRNAscan-SE-2.0参数 4.示例 5.参考 网址:tRNAscan-SE Search Server非编码RNA(ncRNA)是由基因组转录而成的不编码蛋白质的 RNA 分子。ncRNA可分为基础结构型和调控型两种,基础结构型包括rRNA、tRNA、snRNA...
基因组中tRNA基因的预测注释一般使用tRNAscan-SE软件,该软件实际上是一个 perl 脚本,整合了 tRNAscan、EufindRNA和Cove三个独立的 tRNA 检测软件。tRNAscan-SE 先通过 tRNAscan 和 EufindRNA 两个模块鉴定基因组序列中的 tRNA 区域,然后通过 Cove 模块进行验证。这样既综合了前者的识别的准确性,又保证了较低的假阳...
tRNAscan-SE 会根据反义密码子和 Isotype Model 两种方法预测tRNA的类型,对于每个tRNA, 分别给出反义密码子和 Isotype Model 预测的结果,以及两种结果预测的一致性,其中isotype model 会对每一种氨基酸进行打分,选得分最高的作为最终的结果 tRNA 二级结构预测的结果: Str 代表的就是二级结构,其中每个< 和每个 > ...
tRNAscan-SE 会根据反义密码子和 Isotype Model 两种方法预测tRNA的类型,对于每个tRNA, 分别给出反义密码子和 Isotype Model 预测的结果,以及两种结果预测的一致性,其中isotype model 会对每一种氨基酸进行打分,选得分最高的作为最终的结果 3. tRNA 二级结构 Str 代表的就是二级结构,其中每个< 和每个 > 是配对的...
tRNAscan-SE是一款可以在基因组上扫描tRNA的序列,也就是说你给定一组基因序列(fasta数据格式),可以用这个软件去预测这个序列是不是tRNA.具体的实现原理,我不搞生物,所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下运行的。 tRNAscan-SE有两种使用方法。 1)tRNAscan-SE的网页版(http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE),...
tRNAscan是一款tRNA预测工具,支持不同类型基因组的tRNA预测,包括以下四种类型 eukaryotic tRNAs bacterial tRNAs archaeal tRNAs mitochondrial tRNAs 官网链接如下 http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/index.html 官网提供了在线服务,如下图所示,只需要输入fasta 格式的序列,选择对应的物种类型和其他的一些选项,点击运行...
tRNAscan-SE是一款可以在基因组上扫描tRNA的序列,也就是说你给定一组基因序列(fasta数据格式),可以用这个软件去预测这个序列是不是tRNA.具体的实现原理,我不搞生物,所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下运行的。 tRNAscan-SE有两种使用方法。 1)tRNAscan-SE的网页版(http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE),...
Sequence Name: 输入的用于预测tRNA的序列名称 tRNA: 预测到的tRNA的个数(第n个) tRNA Begin: tRNA基因的起始位置 Bounds End: tRNA 基因的终止位置 tRNA Type: tRNA 的类型,该tRNA转运的氨基酸的类型 Anticodon: 反义密码子 Intro Begin: 内含子的起始位置 ...
tRNAscan-SE 顾名思义,做tRNA基因预测 , 最新版本 v.1.2 中使用了perl 老版本特性”$[“,使用该软件时最好把Perl版本调成老版本(使用Perlbrew),技巧:最好把长序列截短成有 1 kb 相互交叠的序列可以提速,要不有的序列可能要跑上几天都不出结果,我一个1M的序列跑了2天都不出结果的。 ...
非编码RNA种类繁多,且结构特征各不相同,不像编码基因一样具有典型的结构特征,所以目前现有的非编码预测软件一般只是专门针对某一种类的非编码RNA,比如tRNAScan-SE预测tRNA、rnammer预测rRNA、snoScan 搜索带C/D盒的snoRNAs、SnoGps 搜索带H/ACA盒的snoRNAs、mirScan 搜索microRNA等。