Trim Galore version:0.6.6Cutadapt version:1.18Numberofcores usedfortrimming:1Quality Phred score cutoff:25Quality encoding type selected:ASCII+33Adapter sequence:'AGATCGGAAGAGC'(Illumina TruSeq,Sanger iPCR;auto-detected)Maximum trimming error rate:0.1(default)Minimum required adapteroverlap(stringency):3...
trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 其中-a后面可以跟着序列(-a AGATCGGAAGAGC) 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz 参数说明 --qualit...
质控工具之TrimGalore使用方法 质控⼯具之TrimGalore使⽤⽅法 就是⼀个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却⾮常实⽤。因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，⼤哥，我就想去去接头、trim⼀下质量⽽已，你就不能⾃动搞了吗。不要给选择困难症的我...
除此之,trim_galore还支持一些其他的过滤措施,以满足个性化的需求。 hardtrim5参数用于从序列的3’端切除碱基,示意如下 before: CCTAAGGAAACAAGTACACTCCACACATGCATA--hardtrim5 20: CCTAAGGAAACAAGTACACT AI代码助手复制代码 通过hardtrim5参数可以将序列截取成固定长度。与之对应的,还有一个hardtrim3参数,从序列...
使用安装好的trim_galore去除质量的reads。该软件需要调用FastQC和cutadapt ,需要提前装好 2,这两步处理完后可以再次用FastQC看一下质量,没啥问题就继续往下做 基本上数据的质量还是不错的,可以进行后续的拼接和组装。 参考博文 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213...
使用trim_galore软件遇到的问题 我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 time nohup trim_galore R17002628-SKOV3-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002628-SKOV3-m6A_combined_R2.fastq.gz & 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考...
time nohup trim_galore --paired R17002629-SKOV3-Tax-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002629-SKOV3-Tax-m6A_combined_R2.fastq.gz & 指定--paired参数 mapping率低的原理: single-end模式下,可能双端测序的同一条read中有一条的length不合格,所以trim_galore会将其删除,结果是trim后的两个文件read数不一样...
1 Trim Galore 是对 FastQC 和 Cutadapt 的包装。2 trim_galore适用于所有高通量测序，包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。3 主要功能包括两步：第一步 首先去除低质量碱基，然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter，...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt...