当然,Trim Galore是可以自动检测adapter。 接下来我们看软件参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。我后面分析改成25,稍微严格一些。 --phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的Phred quality score。具体怎么选择,看你用什么测序平台,这个在上一篇文章中的报告中就有【转录组分析 |...
trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 其中-a后面可以跟着序列(-a AGATCGGAAGAGC) 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz 参数说明 --qualit...
使用比较简单直接: 1 trim_galore --phred33 --gzip --trim-n -o$out_dir--paired$raw_fq1$raw_fq2 其他参数无需选择,默认的就可以了,是不是十分之自动化。 参见说明文档
软件的安装也很方便,首先需要确保cutadapt和fastqc这两个软件已经安装,并且可执行文件位于PAH环境变量定义的路径种。然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz tar xzvf 0.5.0.tar.gz 在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行...
使用安装好的trim_galore去除质量的reads。该软件需要调用FastQC和cutadapt ,需要提前装好 2,这两步处理完后可以再次用FastQC看一下质量,没啥问题就继续往下做 基本上数据的质量还是不错的,可以进行后续的拼接和组装。 参考博文 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213...
质控工具之TrimGalore使用方法 质控⼯具之TrimGalore使⽤⽅法 就是⼀个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却⾮常实⽤。因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，⼤哥，我就想去去接头、trim⼀下质量⽽已，你就不能⾃动搞了吗。不要给选择困难症的我...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 ...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt...
1 Trim Galore 是对 FastQC 和 Cutadapt 的包装。2 trim_galore适用于所有高通量测序，包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。3 主要功能包括两步：第一步 首先去除低质量碱基，然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter，...