Trim Galore version:0.6.6Cutadapt version:1.18Numberofcores usedfortrimming:1Quality Phred score cutoff:25Quality encoding type selected:ASCII+33Adapter sequence:'AGATCGGAAGAGC'(Illumina TruSeq,Sanger iPCR;auto-detected)Maximum trimming error rate:0.1(default)Minimum required adapteroverlap(stringency):3...
除此之,trim_galore还支持一些其他的过滤措施,以满足个性化的需求。 hardtrim5参数用于从序列的3’端切除碱基,示意如下 代码语言:javascript 复制 before:CCTAAGGAAACAAGTACACTCCACACATGCATA--hardtrim520:CCTAAGGAAACAAGTACACT 通过hardtrim5参数可以将序列截取成固定长度。与之对应的,还有一个hardtrim3参数,从序列...
1Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。 2 trim_galore适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。 3 主要功能包括两步: 第一步 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1milli...
trim_galore 完美的符合了你的需求,无需自己去查接头,全自动质量过滤,噢耶。 还能和mutilqc完美对接,生成网页版报告。 使用比较简单直接: 1 trim_galore --phred33 --gzip --trim-n -o$out_dir--paired$raw_fq1$raw_fq2 其他参数无需选择,默认的就可以了,是不是十分之自动化。 参见说明文档...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt...
质控工具之TrimGalore使用方法 质控⼯具之TrimGalore使⽤⽅法 就是⼀个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却⾮常实⽤。因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，⼤哥，我就想去去接头、trim⼀下质量⽽已，你就不能⾃动搞了吗。不要给选择困难症的我...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 ...
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cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt...
安装了半天没安上,用了公司服务器已经安装的trim_galore。 命令行也借鉴一下(小小的改动),对很多参数不是很懂。 /SSD750/PB1/soft1/trim_galore_v0.4.2/trim_galore -q 30 --phred33 --stringency 3 --path_to_cutadapt /opt/anaconda2/bin/cutadapt --fastqc -e 0.1 --length 35 --three_prime_cl...