下面是trim_galore的使用方法: 1.下载trim_galore软件并安装。 2.终端中输入以下命令: trim_galore --paired -q 20 --stringency 5 --length 50 -o output_dir fastq1.gz fastq2.gz 其中,--paired表示输入的是paired-end数据,-q 20表示保留质量大于20的序列,--stringency 5表示去除序列中最后5个碱基的低...
质控工具之TrimGalore使用方法 质控⼯具之TrimGalore使⽤⽅法 就是⼀个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却⾮常实⽤。因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，⼤哥，我就想去去接头、trim⼀下质量⽽已，你就不能⾃动搞了吗。不要给选择困难症的我...
当然,Trim Galore是可以自动检测adapter。 接下来我们看软件参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。我后面分析改成25,稍微严格一些。 --phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的Phred quality score。具体怎么选择,看你用什么测序平台,这个在上一篇文章中的报告中就有【转录组分析 |...
#可以在里面下载,也可以在构建镜像的时候拷贝进去 curl -fsSL "https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz" | tar -xz find /usr/local/bin/ -name "trim_galore" -exec ln -s {} /usr/local/bin \; %labels Maintainer m-bull Version trim_galore-0.5.0 2. 使用方法-如何...
方法：使用Cutadapt去除接头序列，可通过自动检测或手动指定接头序列实现。自动检测：在前100万个序列中寻找标准接头序列，并打印结果供参考。用户选项：提供选项允许用户覆盖自动检测行为，控制修剪过程的严格程度。处理RRBS文库：特定选项：Trim Galore提供了特定选项用于处理RRBS文库。非定向模式：为非定向模式...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt...
使用安装好的trim_galore去除质量的reads。该软件需要调用FastQC和cutadapt ,需要提前装好 2,这两步处理完后可以再次用FastQC看一下质量,没啥问题就继续往下做 基本上数据的质量还是不错的,可以进行后续的拼接和组装。 参考博文 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213...
使用trim_galore软件遇到的问题 我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 time nohup trim_galore R17002628-SKOV3-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002628-SKOV3-m6A_combined_R2.fastq.gz & 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考...
质控工具之TrimGalore使用方法 TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper,打包了fastqc和cutadapt,但是却非常实用。 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂,光接头类型就有5种,还有各种参数,大哥,我就想去去接头、trim一下质量而已,你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。
curl -fsSL "https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz" | tar -xz find /usr/local/bin/ -name "trim_galore" -exec ln -s {} /usr/local/bin \; %labels Maintainer m-bull Version trim_galore-0.5.0 2. 使用方法-如何使用这个镜像 ...