trim_galore去接头(并行处理) 命令为 代码语言:javascript 复制 dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/cat config|whileread iddoarr=${id}fq1=${arr[0]}fq2=${arr[1]}nohup trim_galore-q25--phred33--length36-e0.1--stringency3--paired-o $dir $fq1 $fq2&done config是需要进行处理的文件列表 t...
1 安装trim-galore 进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c bioconda trim-galore trim_galore --help trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。 2 分离_1和_2文件 (wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _1.fastq.gz>gz1...
trim_galore去接头(并行处理) 命令为 dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/ cat config |while read id do arr=${id} fq1=${arr[0]} fq2=${arr[1]} nohup trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o $dir $fq1 $fq2 & done ...
具体流程见 trim_galore去接头(并行处理) 命令为 config是需要进行处理的文件列表 trim_galore命令这里用的也比较简单，总结下处理时遇到的问题 我从15个到20个到100个最后尝试几百个，同时处理，是可行的。但最佳是不要超过300个样本，这好像是我的服务器能处理的最大量。开始处理文件是 fq ...