trim_galore是一个常用的用于对测序数据进行质量控制和修剪的工具,其命名规则通常遵循以下格式: trim_galore [options] <filename(s)>。 其中,trim_galore是命令的名称,[options]代表可选的参数,<filename(s)>代表需要进行处理的文件名。 在使用trim_galore时,可以添加不同的选项来控制修剪的参数,比如--quality来...
经过clock修剪后,生成的文件(.clock_UMI.R1.fq(.gz)和.clock_UMI.R2.fq(.gz))应与Trim Galore一样进行适配器修剪和质量修剪。此外,需要从其3'端剪切read15bp以去除潜在的UMI和固定序列。命令如下: trim_galore --paired --three_prime_clip_R1 15 --three_prime_clip_R2 15 *.clock_UMI.R1.fq.gz ...
1Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。 2 trim_galore适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。 3 主要功能包括两步: 第一步 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1milli...
2、关闭文件 close( ) 示例如下: #新建一个文件,文件名为:test.txt f = open('test.txt', 'w') #关闭这个文件 f.close() 3、路径 linux 96620 5 trim_galore去接头 SRR85182.gz | while read id;do (nohup fastqc $id &);done find SRR851819.gz|xargs fastqc -t 20 1 安装trim-galore......
5 trim_galore去接头 SRR85182.gz | while read id;do (nohup fastqc $id &);done find SRR851819.gz|xargs fastqc -t 20 1 安装trim-galore...进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c bioconda trim-galore trim_galore --help...trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的...