1.下载trim_galore软件并安装。 2.终端中输入以下命令: trim_galore --paired -q 20 --stringency 5 --length 50 -o output_dir fastq1.gz fastq2.gz 其中,--paired表示输入的是paired-end数据,-q 20表示保留质量大于20的序列,--stringency 5表示去除序列中最后5个碱基的低质量序列,--length 50表示去除...
然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 代码语言:javascript 复制 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz tar xzvf0.5.0.tar.gz 在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。 对于单端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 复制 trim_galore--quality20-...
conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后，可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。1. 软件用法：2. 常用参数：--quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。分析时可改成25，稍微严格一些。--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台使用的Phred quality score。
Trim Galore直接在官网下载解压后即可使用(perl文件,无需任何安装)。 参数概览 这里只讨论了部分参数(与我的数据相关的部分,数据情况请参照下面)。其余参数的设定可以参考「官方文档」(Trim_Galore_User_Guide)。 -q/–quality :控制的质量分数阈值 –length :丢弃小于此长度的读段 -e:允许的错误率 –stringency:...
Version trim_galore-0.5.0 2. 使用方法-如何使用这个镜像 注意点目录挂载$PWD:/in中的/in一定要打全,$PWD这个值可换成自己想要放数据的绝对路径。 4. 用AI写DEF 根据用户的需求和描述生成Singularity镜像描述文件(deffile)、转换Dockerfile到singularity的deffile、回答用户对Singularity容器化技术的疑问 ...
trim-galore也可以用conda install安装,非常方便,这是一个自动检测adaptor的软件,可以一个命令自动找出主流的测序接头并去除,还可以设置参数对测序数据质控。简单介绍一下trim-galore的一些参数: -q # 设定Phred quality score阈值,默认为20;-phred33 # 测序平台衡量测序质量的方法,有33和64,不影响;-length # 设定...
1 安装trim-galore 进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c bioconda trim-galore trim_galore --help trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。 2 分离_1和_2文件 (wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _1.fastq.gz>gz1...
Trim Galore是和的包装,可始终将适配器和质量修整应用于FastQ文件,并具有RRBS数据的附加功能。 安装 Trim Galore是Perl的包装器,它围绕两个工具: 和。 要使用,请确保这两款软件都可用,然后将trim_galore脚本复制到PATH上可用的位置。 例如: # Check that cutadapt is installed cutadapt --version # Check that...
C#中Trim()、TrimStart()、TrimEnd()的用法: 这三个方法用于删除字符串头尾出现的某些字符。Trim()删除字符串头部及尾部出现的空格,删除的过程为从外到内,直到碰到一个非空格的字符为止,所以不管前后有多少个连续的空格都会被删除掉。TrimStart()只删除字符串的头部的空格。TrimEnd()只删除字符串尾部的空格。 如...
trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。...(建议的方法) vi trim.sh 写入以下内容 dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/ cat config |while read id do arr=...如果样本相对较少,上面这个处理方法是可以的。...--- 备注:我在这里出了三次错 1 dir=...