建议 enhances cutadapt Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads perl Larry Wall's Practical Extraction and Report Language fastqc quality control for high throughput sequence data 下载trim-galore 硬件架构软件包大小安装后大小文件 ...
cutadapt Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads perl Larry Wall's Practical Extraction and Report Language fastqc quality control for high throughput sequence data 下载trim-galore 硬件架构软件包大小安装后大小文件 all17,391.8 kB17,519.0 kB[文件列表]...
然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz tar xzvf0.5.0.tar.gz 在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。 对于单端测序数据,基本用法如下 代码语言:ja...
•无深度分析功能:Trim Galore主要负责数据的预处理,后续的序列比对、变异检测等分析步骤需要结合其他工具来完成。 在Galaxy平台上使用Trim Galore 为了帮助那些不熟悉命令行操作的用户,Galaxy生信云平台提供了一个简单易用的图形界面来运行Trim Galore。你可以通过usegalaxy.cn 直接访问并使用Trim Galore,无需安装和配置...
#可以在里面下载,也可以在构建镜像的时候拷贝进去 curl -fsSL "https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz" | tar -xz find /usr/local/bin/ -name "trim_galore" -exec ln -s {} /usr/local/bin \; %labels Maintainer m-bull ...
3.1. 源代码下载:https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore 查看安装日志:Installation: Trim Galore!is a a Perl wrapper around two tools:CutadaptandFastQC. To use, ensure that these two pieces of software are available and copy the trim_galore script to a location available on the PATH. ...
#可以在里面下载,也可以在构建镜像的时候拷贝进去 curl -fsSL "https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz" | tar -xz find /usr/local/bin/ -name "trim_galore" -exec ln -s {} /usr/local/bin \; %labels Maintainer m-bull ...
Trim Galore直接在官网下载解压后即可使用(perl文件,无需任何安装)。 参数概览 这里只讨论了部分参数(与我的数据相关的部分,数据情况请参照下面)。其余参数的设定可以参考「官方文档」(Trim_Galore_User_Guide)。 -q/–quality :控制的质量分数阈值 –length :丢弃小于此长度的读段 ...
软件的安装也很方便,首先需要确保cutadapt和fastqc这两个软件已经安装,并且可执行文件位于PAH环境变量定义的路径种。然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz ...
2.选择Trim Galore工具:在工具菜单中找到Trim Galore,并选择你要处理的数据类型(如单端或配对端数据)。 3.配置修剪参数:根据你的数据特点,设置合适的接头序列、质量阈值等参数。 4.运行工具并查看结果:点击运行后,Galaxy会自动在后台处理数据,并生成修剪后的FastQ文件供下载。