数据下载数据下载是进行RNA-seq数据分析的第一步,我们需要从公共数据库(如NCBI)或者通过合作者获取原始的测序数据。常见的测序数据格式有FASTQ和BAM。 使用trim-galore进行质量控制和序列修剪trim-galore是一个基于Galaxy和cutadapt的工具,用于处理RNA-seq数据中的质量控制和序列修剪。使用trim-galore可以去除低质量的序列...
为了帮助那些不熟悉命令行操作的用户,Galaxy生信云平台提供了一个简单易用的图形界面来运行Trim Galore。你可以通过usegalaxy.cn 直接访问并使用Trim Galore,无需安装和配置,极大地方便了分析流程。 如何在Galaxy上使用Trim Galore? 1.上传测序数据:首先,将你的FastQ格式的测序数据上传到Galaxy平台。 2.选择Trim Galore...
然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz tar xzvf 0.5.0.tar.gz AI代码助手复制代码 在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。 对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o...