bash trim_galore_batch.sh 脚本没有问题的话,会看到类似下面的信息 代码语言:javascript 复制 (RNAseq1)[root@localhost RNAseq]# bash trim_galore_batch.sh Multicore support not enabled.Proceedingwithsingle-core trimming.Path to Cutadaptsetas:'cutadapt'(default)Cutadapt seems to be workingfine(tested ...
得到fq文件后再跑trim_galore,代码如下: #sra文件转换fqnohup parallel-fastq-dump--sra-idSRR19781820--threads1--outdir./--split-files--gzip trim_galoredir=/home/data/t150448/scrna/sc_RGC_PRJNA851588/PRJNA851590/2.fastq/trim_galoreData/nohup trim_galore-q25--phred33--stringency3--length36--pa...
wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz tar xzvf0.5.0.tar.gz 在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。 对于单端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 复制 trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法...
然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz tar xzvf 0.5.0.tar.gz 1. 2. 在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。 对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC ...
echo " trim_galore started at $(date)" ls *gz |cut -d "_" -f 1-3 |sort -u |while read i; do R1=${i}_1.fq.gz; R2=${i}_2.fq.gz; trim_galore -q 25 --paired $R1 $R2 --phred33 --length 35 -e 0.1 --stringency 3 --gzip -o ../trimmed_data; done ...
AI代码助手复制代码 软件的安装也很方便,首先需要确保cutadapt和fastqc这两个软件已经安装,并且可执行文件位于PAH环境变量定义的路径种。然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz ...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 ...
软件的安装也很方便,首先需要确保cutadapt和fastqc这两个软件已经安装,并且可执行文件位于PAH环境变量定义的路径种。然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz tar xzvf 0.5.0.tar.gz ...
https://www.bioinformatics./projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ...
代码展示 /.../trim_galore /.../*_R1.fastq /.../*_R2.fastq -q 25 --length 50 -e 0.1 --stringency 5 -o /.../ -a adapter1 -a2 adapter2 --paired 1. 软件输出 Trimming mode: paired-end Trim Galore version: 0.4.1 Cutadapt version: 1.11 ...