genome_prokka.fasta.2.7.7.80.10.50.500.1.html genome_prokka.fasta.2.7.7.80.10.50.500.1.txt.html Foundat i:42183original size:10final size:10[Alignmentexplanation](http://tandem.bu.edu/trf/trf.definitions.html#alignment)Indices:42170--42195Score:52Periodsize:10Copynumber:2.6Consensussize:1042160TATA...
A tandem repeat in DNA is two or more adjacent, approximate copies of a pattern of nucleotides. Tandem Repeats Finder is a program to locate and display tandem repeats in DNA sequences. In order to use the program, the user submits a sequence in FASTA format. There is no need to specif...
参考网址:http://tandem.bu.edu/trf/trf.unix.help.html http://tandem.bu.edu/trf/trf.html http://www.chenlianfu.com/?p=1747 http://tandem.bu.edu/trf/868y4Zg25ikZE.2.7.7.80.10.50.500.1.html http://tandem.bu.edu/trf/trf.definitions.html#table...
http://tandem.bu.edu/trf/trf.html 三、软件介绍: Trf是(Tandem Repeat Finder)的简称,用来搜寻DNA 序列中的串联重复序列(即相临的重复两次或多次特定核酸序列模式的重复序列)。重复单元可以从1bp 到500bp,DNA 查询序列大小可以超过5M。 四、下载安装: wget http://tandem.bu.edu/trf/downloads/trf409.linu...
根据重复序列的结构特征和在基因组上位置可以为：1. 串联重复序列（tandem repeats）：由1-500个碱基的重复单元构成，这种重复序列⾸尾依次相连，重复⼏⼗到⼏百万次，包括有微卫星（1-10 bp），⼩卫星（10-65 bp）序列等。2. 散在重复序列（interspersed repeats）：是指⽐较均匀分布在基因组中重复...
我这次介绍Trf软件的安装与使用，Trf注释的是串联重复序列（以特定的重复单元首尾相接排列在基因组上，形成重复序列） 官网链接： Tandem Repeats Finder Welcome Page ，我这次安装的是v4.10.0 File : FASTA 格式的DNA 输入序列 Match, Mismatch, and Delta: 匹配上，没匹配...
常用软件:RepeatScout、LTR-finder、TRF、Repeatmoderler、Piler、LTR_STRUC等。 TRF:最为常用,重复单元可以为1~500 bp,DNA查询序列大小可超过5 Mb。该方法的特点是能得到一些物种特异的重复序列,局限在于不能识别重复次数较少、变异较大的重复序列。预测得到的重复序列可以和Repbase等数据库进行比对得到类别的信息,然后...
常用软件:RepeatScout、LTR-finder、TRF、Repeatmoderler、Piler、LTR_STRUC等。 TRF:最为常用,重复单元可以为1~500 bp,DNA查询序列大小可超过5 Mb。该方法的特点是能得到一些物种特异的重复序列,局限在于不能识别重复次数较少、变异较大的重复序列。预测得到的重复序列可以和Repbase等数据库进行比对得到类别的信息,然后...
常用软件:RepeatScout、LTR-finder、TRF、Repeatmoderler、Piler、LTR_STRUC等。 TRF:最为常用,重复单元可以为1~500 bp,DNA查询序列大小可超过5 Mb。该方法的特点是能得到一些物种特异的重复序列,局限在于不能识别重复次数较少、变异较大的重复序列。预测得到的重复序列可以和Repbase等数据库进行比对得到类别的信息,然后...
动植物基因组注释包括重复序列注释以及基因结构注释,重复序列注释是注释中非常重要的环节,主要包括的软件有Trf、LTR_Finder、Piler、RepeatScout、RepeatModeler、Repeatmasker和repeatproteinmask。小编这次介绍Trf软件的安装与使用,Trf注释的是串联重复序列(以特定的重复单元首尾相接排列在基因组上,形成重复序列) ...