TPM等于该基因的FPKM占所有基因的FPKM的总和的比例乘以一百万,类似于样本间标准化。 当然,一个有点矛盾的地方在于很多平时使用的方法并没有这么“严谨”,例如CPM,只是对文库大小进行校正。 4、CPM CPM(Counts per million)仅对测序深度进行标准化,它将每个基因或转录本的表达水平标准化为每百万次测量次数的表达水平...
CPM(Counts Per Million, or Counts of exon model Per Million mapped reads) 每百万映射读取的counts 除了RPKM、 FPKM、TPM这几种方法,CPM也是较为常见的一种基因定量方式。原始的表达量除以该样本表达量的总和,再乘以一百万,即可得到CPM值。CPM值只对测序深度进行了标准化,一般利用edgeR包的cpm()函数即可对基因...
1.CPM是设备部门主导，TPM是生产部门主导。 CPM主要工作由具有设备管理与维修专业能力的设备部门和设备人主导，生产部门辅助，而且组织实施的掌控权也在设备部门和设备人手中，因此，CPM是完全置于设备人和设备部门控制之下的项目。 这与TPM差别极大，TPM推行主...
常见标准化方法有:CPM(Counts Per Million)、RPKM/FPKM(Reads/Fragments Per Kilobase Million)、TPM(Transcripts Per Million),它们考虑了测序深度以及基因长度对基因读数的影响。 CPM CPM(每百万映射读数)是指将映射到转录本的原始读数数量,经过测序样本中的读数数量标准化后,乘以一百万。 具体来说,假设有n个基因(...
3. RPM（Reads Per Million）或CPM（Counts Per Million）与RPKM相似，但不需要将读段长度标准化。它们适用于表达量较低的基因或转录本。4. TPM（Transcripts Per Million）是另一种标准化表达量的方法，通过将映射到转录本的读段数除以总映射读段数、转录本长度和基因组长度来计算。这有助于消除由于...
然后对测序深度进行标准化，公式为：TPM = RPKM / (ΣRPKM) * 10^6。这种方法保证每个样本中所有TPM的总和相同，便于比较样本间基因读数比例。综上所述，CPM、RPKM/FPKM和TPM方法在RNA-Seq数据标准化中各有优势，考虑不同因素影响。CPM适合样本内比较，而RPKM/FPKM和TPM更适用于更广泛的比较场景。
,而非CPM、RPKM、 FPKM,表达定量的结果主要用于主成分分析、层次聚类分析。 2.1 CPM:Counts per million 数值概念:计算公式:CPM= A/mapped reads*1000000 A为比对到某基因的reads数(read count)。 用途:在某些情况下,只想了解每个基因被覆盖到的相对reads数,而不希望对其做长度校正,就会使用这个指标。
3. 关键路径法(CPM):将生产流程看作一个项目,识别出影响项目进度的关键路径。位于关键路径上的设备,其维护优先级应高于非关键路径上的设备。 4. 多准则决策分析(MCDA):综合运用多种评估标准,通过数学模型或软件工具进行综合分析,得出设备维护的优先级排序。
Counts RPK RPKM/FPKM TPM CPM数据转换原理 他人总结:CPM只考虑了测序深度,RPM只考虑了基因长度,RPKM和FPKM同时考虑了基因长度和深度,TPM不仅考虑了基因长度和深度,还考虑了基因表达量总和一致,其中CPM和TPM由于总表达量相等,可以用来做差异分析。 相关R代码 https://www.cxyzjd.com/article/weixin_29014237/...
opar<-par(mfrow=c(3,2))boxplot(mrna_expr_counts)boxplot(mrna_expr_fpkm)boxplot(mrna_expr_tpm)boxplot(mrna_expr_vst)boxplot(mrna_expr_cpm) 结果很清晰了吧?这里面只有vst是另类,这也是为什么vst不需要再log的原因,其他4种类型的表达量都是很大且很分散的。