二者区别仅在于,Fragment与Read。RPKM的诞生是针对早期的SE测序,FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要明确Reads和Fragments的区别,RPKM和FPKM的概念便易于区分。Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads,Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段【双端序列即使丢弃1端reads,让按照1个Fragments计算】。 RPKM is fo...
三、CPM重点关注设备效益,TPM则是员工素养和企业文化 这是二者在追求目标上的分别。CPM强调通过搞好装备管理挖掘企业装备潜力潜能来追求企业价值的最大化;而TPM本质上则是以装备维修为媒介,其最终目的是藉此达到全面提升员工素质进而塑造企业文化。 从这一点上说,CPM远没有TPM的目标远大与宏伟,它只是通过科学合理的技...
二者区别仅在于，Fragment与Read。RPKM的诞生是针对早期的SE测序，FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要明确Reads和Fragments的区别，RPKM和FPKM的概念便易于区分。Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads，Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段【双端序列即使丢弃1端reads，让按照1个Fragments计算】...
同RPKM一样,TPM对基因的长度进行了校正,计算比对到基因上的reads/基因长度得到长度校正的表达量 reads per kilobase (RPK)。再以文库中RPK之和作为Scale Factor求出TPM。 相比于RPKM使用read counts之和来作为文库校正因子,TPM使用RPK之和作为文库校正因子的好处是考虑了不同样本间的基因长度的分布。因为RPK是一个...
,而非CPM、RPKM、 FPKM,表达定量的结果主要用于主成分分析、层次聚类分析。 2.1 CPM:Counts per million 数值概念:计算公式:CPM= A/mapped reads*1000000 A为比对到某基因的reads数(read count)。 用途:在某些情况下,只想了解每个基因被覆盖到的相对reads数,而不希望对其做长度校正,就会使用这个指标。
2.1 CPM:Counts per million 数值概念:计算公式:CPM= A/mapped reads*1000000 A为比对到某基因的reads数(read count)。 用途:在某些情况下,只想了解每个基因被覆盖到的相对reads数,而不希望对其做长度校正,就会使用这个指标。 用总reads进行均一化是最简单的方法,其基于以下两个基本假设: ...