利用RNA Velocity分析,SnapTotal-seq成功重构了293T细胞的细胞周期动态(G2/M→G1→S→G2/M)。与其他单细胞转录组技术相比,SnapTotal-seq在细胞周期动态转化的重构上优于基于Poly(A)尾RNA捕获的CEL-seq2和Smart-seq3,而与VASA-seq相当,后者也能较为精确地重构细胞周期动态。 图1 SnapTotal-seq方法及其效果验...
利用RNA Velocity分析,SnapTotal-seq成功重构了293T细胞的细胞周期动态(G2/M→G1→S→G2/M)。与其他单细胞转录组技术相比,SnapTotal-seq在细胞周期动态转化的重构上优于基于Poly(A)尾RNA捕获的CEL-seq2和Smart-seq3,而与VASA-seq相当,后者也能较为精确地重构细胞周期动态。 图1 SnapTotal-seq方法及其效果验...
mRNA测序(也称为转录组测序或RNA-Seq)是一种专门针对mRNA分子的高通量测序技术。mRNA是编码蛋白质的RNA,通过测序mRNA,研究人员可以获得基因表达谱,了解基因在不同条件下的表达水平和调控机制。mRNA测序通常采用poly(A)富集的方法,选择性地富集带有poly(A)尾的mRNA,从而减少其他类型RNA的干扰。 Total RNA测序与mRNA测...
全转录组测序(Total RNA-Seq) 项目介绍 全转录组是指特定细胞在特定状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA(non-coding RNA)。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用的miRNA,lncRNA和circRNA。 基于二代测序技术的全转录组测序研究,同时分析同一样本中的mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA,并且通过关联...
Transitioning from Whole-Genome Arrays to Total RNA-Seq Dr. Avrum Spira, a pulmonary and critical care physician at Boston University Medical Center, started a lab with the goal of analyzing samples with whole-genome gene expression arrays, to study potential biomarkers for pulmonary disorders. Lear...
Dual RNA-seq直接抽提共生样本中所有的RNA,构建转录组文库,可以同时对2个甚至多个物种进行测序和分析,研究两个或多个相互作用的物种的转录本情况及相互作用。 实验方面:直接提取收到感染的细胞,并且不针对宿主和病原体单独提取,混合在一起进行测序,包含了感染细胞中病原体和宿主两者时空表达的转录本的状态。
纳昂达内部测试了直接测序(Total RNA-seq)、去除rRNA后测序(rRNA-depleted RNA-seq)和捕获后测序(RNAcap)。结果显示,Total RNA-seq与rRNA-depleted RNA-seq的基因表达基本一致,且无明显富集,RNAcap则可明显富集靶区域。 图1. Total RNA-seq、rRNA-depleted RNA -seq 和 RNAcap 的结果分析。
但蛋白组水平的研究却远远低于转录组水平的研究,为此,BioLegend公司推出了TotalSeqTM系列产品。该产品可以通过高通量测序来分析单细胞水平的蛋白表达,在得到RNA信息的同时,也可以获得蛋白的信息,近期TotalSeqTM家族又添了新成员。 BioLegend公司在持续推出寡...
FFPE 样本:FFPE 样本的 RNA-Seq 分析,能为 Biomarker 筛查、回顾性研究、疾病机制探讨提供可能。然而,由于处理、保存等条件的限制,FFPE 样本中不易留存高品质 RNA。同时,提取 RNA 前不当的前处理方案,不合适的扩增方法也不易获得足够量的核酸用于 NGS 分析。
Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina ® (Vazyme #NR602)。 本试剂盒适用于针对mRNA和所有除rRNA以外的非编码RNA的链特异性RNA-seq分析,主 要包括以下几个方面: ◇基因表达 (gene expression analysis) ◇单核苷酸变异 (single nucleotide variation calling) ◇可变剪切 (alternative splicing de...