RNA-Seq定量分析介绍
1.1 进入RNA-seq环境 1.2 使用featureCounts进行基因定量 1.3 计算FPKM和TPM RNA-seq这一期的项目这一章就结束了,之后我会整理做一个整体的流程介绍。 本章将带领大家掌握统计每个基因内的reads数量并计算每个基因的FPKM和TPM数值。 1. 基因定量 1.1 进入RNA-seq环境 使用如下命令进入环境: # 1. 进入RNA_seq容器...
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RNAseq定量分析方案 1 一、实验目的： 2 二、实验大致流程 2 三、实验前的准备活动 2 3.1准备数据 2 3.2确定涉及软件是否安装完毕，及其输入输出文件。 3 四、实验过程 4 4.1.利用bowtie2-bulid命令根据提供的参考基因组序列建立对应的索引文件。 5 4.2.利用tophat命令将分别将...
rna-seq公司测出来的真是玄学数据,或许是重复测得太少了,反正测出来重复率都不是很好,这次重新分析,去掉两个不太好的重复之后再进行定量分析,记录一下流程。 从read比对结果中获取定量数据 现在我手头已经有公司质控过后的raw data,并且也已经通过hisat2和samtools拿到了bam文件,想进一步进行定量分析,首先需要对基因...
RNA-Seq定量分析 系统标签: seqrna定量分析表达量termfinder基因 背景介绍分析思路常见问题RNA-Seq简介RNA-Seq:也叫全转录组测序,利用高通量测序技术对cDNA序列进行测序,从而获得样品中RNA的信息:定量和定性。定性:可变剪切、SNP、基因融化等医学领域:发现药物靶点与阐明药物作用机制,促进药物研发的进展农业领域:找出具有...
Nano-tRNAseq鉴定tRNA修饰的相互依赖性 为了探索是否可以捕获Ψ55损失对其他修饰的影响,研究人员检查了每个核苷酸位置和tRNA分子参考的basecalling error(碱基不匹配,插入和缺失),比较了Pus4敲除(KO)菌株中每种tRNA异受体相对于WT的tRNA修饰谱。除了位置55处basecalling error的减少(对应于修饰的损失)外,研究人员还观察...
RSEM RSEM是对基因进行表达定量的一个软件,是基于STAR序列对比的基础之上进行的。而kallisto不需要进行比对可以直接定量。 安装 conda install r...
Small RNA-seq数据量那么少,又不需要重新比对定量,简简单单的做个差异分析、画个图(火山图、heatmap)、PCA、相关性计算、筛选下差异基因、预测下miRNA的靶基因,靶基因GO&KEGG注释,使用SBC ToolBox三下五除二,只要你手速快,结果就立马展现你的面前。
StringTie是一个用于将RNA-Seq比对到潜在转录本的快速高效程序。它利用新的网络流算法和可选的从头组装步骤，将多个剪接变体的全长转录本组装并定量。StringTie的输入不仅包括短读数的比对结果，还能处理从这些读数组装的较长序列的比对。此外，StringTie的输出可以与专业软件如Ballgown、Cuffdiff、DESeq2等...