Step 3: trimmed mean of M values 接着,我们对M和A值进行双重截值,截掉M值排在前30%和后30%,A值排在前5%和后5%的基因,计算中间这部分基因M值的加权平均值 logratioTrim<-0.3sumTrim<-0.05# Double trim the upper and lower percentages of the data# trim M values by 30% and A values by 5%n...
在这一过程中，TPM或RPKM通常不会直接应用于数据标准化，而是基于原始reads count数据进行处理。在进行差异表达基因分析时，常用方法如edgeR或DESeq遵循的是基于假设大部分基因在不同样本间表达一致的思路，采用TMM（Trimmed Mean of M-values）或median-of-ratios等方法进行数据标准化。这些方法旨在减少样本...
rnanorm--help# usage: rnanorm [-h] [--gene-lengths GENE_LENGTHS] [--annotation ANNOTATION]# [--gene-id-attr GENE_ID_ATTR] [--tpm-output TPM_OUTPUT]# [--fpkm-output FPKM_OUTPUT] [--cpm-output CPM_OUTPUT]# [--quantile-output QUANTILE_OUTPUT]# expression## TPM normalization. The...