从本期开始,我们开始介绍TCGA (The Cancer Genome Atlas, 肿瘤基因组图谱) 数据库。TCGA是里程碑式的癌症基因组项目。相信很多人都听过或使用过TCGA数据库,网上也有非常多的关于TCGA介绍,利用该数据库的研究也不计其数。该数据库面向科学界和一般群众开放。 TCGA数据库是由美国National Cancer Institute ( NCI, 美...
最常用的为level3数据,文件较小,直接在网页上下载就可以。 目前主要有两个网站可以下载TCGA level-3的数据: TCGA官网的data-portal: portal.gdc.cancer.gov 优点:数据最全,更新最快 缺点:每个样本的数据都单独储存在一个文件中,如果要下载RNA表达量数据的话,可能同一种癌症需要下载好几百个文件,并且需要排队下载...
TCGA(The Cancer Genome Atlas)是由美国癌症研究所(NCI)和美国国家人类基因研究所(NHGRI)于2006年联合启动的项目,目前为止总共包含39种癌症,涉及29种癌症器官,1万多个肿瘤样本,27万多份文件。涵盖了:临床数据、microRNA、蛋白芯片测序等多种数据。 GEO(Gene Expression Omnibus)是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建...
肿瘤基因组计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)通过TCGA计划,全球科学家希望协力逐一解开所有癌症的秘密,进而建立一个共享数据库。TCGA的主要研究目的是发现用于解码肿瘤细胞的分子结构所需的信息和技术工具,并增强人类对癌症遗传基础的认识。通过基因组分析技术,包括大规模的基因测序技术的应用,全面致力于癌症分子遗传基础...
The Cancer Immunome Atlas:肿瘤免疫图谱数据库,欢迎关注”生信修炼手册”!肿瘤免疫疗法在多种恶性肿瘤的临床治疗上取得了显著效果,然而还是存在大部分患者对于免
TheCancerGenomeAtlasTCGAPilotProjectChartinganewcourseforpreventiondiagnosisandtreatmentofcancerEverydaymorethan1500Americansdiefromcancer—aboutonepersoneveryminute.AstheU.S.populationagesthisrateisexpectedtorisesignifjcantlyunlessresearcherscandevelopn
癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)是国际癌症基因组联盟最大的一个研究项目。该项目启动于2006年,耗资1亿美元,目的在于绘制1万个肿瘤基因组图谱。 如今来自16个国家的科学家已经通过通力合作完成了该项目,揭示了近10000个与癌症相关的基因突变。那么下一步科学家们该去做什么?一些科学家希望继续关注...
TCGA Hub: https://tcga.xenahubs.net GDC Xena Hub: https://gdc.xenahubs.net ICGC Xena Hub: https://icgc.xenahubs.net Pan-Cancer Atlas Hub: https://pancanatlas.xenahubs.net GA4GH (TOIL) Hub: https://toil.xenahubs.net Treehouse Hub: https://xena.treehouse.gi.ucsc.edu PCAWG Hub:...
lines has corroborated this statement and those that were observed studying the tumoral tissue equivalents included in the The Cancer Genome Atlas (TCGA) database. 在过去的几年里,通过比较大多数癌症细胞系的基因组数据,证实了这一观点,同时也证实了在研究TCGA数据库中包含的肿瘤组织等同物时所观察到的...
1. TCGA数据集中的TP53突变谱与目前的TP53数据库相似: 首先作者分析了32种不同癌症类型的10225例TCGA患者的整个外显子组序列中的TP53突变。识别出了3786例TP53突变患者。发现肿瘤类型TP53突变频率存在差异,其中卵巢癌和子宫癌肉瘤的发生率高于90%,另外7种肿瘤的发生率低于5%(图1A)。通过全外显子组测序获得的TCGA ...