从本期开始,我们开始介绍TCGA (The Cancer Genome Atlas, 肿瘤基因组图谱) 数据库。TCGA是里程碑式的癌症基因组项目。相信很多人都听过或使用过TCGA数据库,网上也有非常多的关于TCGA介绍,利用该数据库的研究也不计其数。该数据库面向科学界和一般群众开放。 TCGA数据库是由美国National Cancer Institute ( NCI, 美...
The cancer genome atlas(TCGA)数据库储存20多种癌症的基因组数据,作为生信喵少不了要下载上面的数据来分析。写篇文章介绍一下,也加深自己的印象。 TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据,包括突变,拷贝数变异,mRNA表达,miRNA表达,甲基化数据等 这些数据可分为三个级别: level-1: 原始的测序数据(fasta,fastq等) ...
TCGA(The Cancer Genome Atlas)是由美国癌症研究所(NCI)和美国国家人类基因研究所(NHGRI)于2006年联合启动的项目,目前为止总共包含39种癌症,涉及29种癌症器官,1万多个肿瘤样本,27万多份文件。涵盖了:临床数据、microRNA、蛋白芯片测序等多种数据。 GEO(Gene Expression Omnibus)是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建...
分析肿瘤新抗原,结果示意如下 该数据库不仅可以查看TCGA中不同肿瘤的分析结果,其分析内容也值得我们借鉴,对于肿瘤样本的NGS数据, 可以进行基因表达与生存分析的关联分析,可以进行免疫细胞浸润分析,新抗原预测等分析内容。 ·end·
lines has corroborated this statement and those that were observed studying the tumoral tissue equivalents included in the The Cancer Genome Atlas (TCGA) database. 在过去的几年里,通过比较大多数癌症细胞系的基因组数据,证实了这一观点,同时也证实了在研究TCGA数据库中包含的肿瘤组织等同物时所观察到的...
肿瘤基因组计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA) 通过TCGA计划,全球科学家希望协力逐一解开所有癌症的秘密,进而建立一个共享数据库。TCGA的主要研究目的是发现用于解码肿瘤细胞的分子结构所需的信息和技术工具,并增强人类对癌症遗传基础的认识。通过基因组分析技术,包括大规模的基因测序技术的应用,全面致力于癌症分子遗传基...
The Cancer Genome Atlas (TCGA), a landmark cancer genomics program, molecularly characterized over 20,000 primary cancer and matched normal samples spanning 33 cancer types. This joint effort between NCI and the National Human Genome Research Institute began in 2006, bringing together researchers from...
TheCancerGenomeAtlasTCGAPilotProjectChartinganewcourseforpreventiondiagnosisandtreatmentofcancerEverydaymorethan1500Americansdiefromcancer—aboutonepersoneveryminute.AstheU.S.populationagesthisrateisexpectedtorisesignifjcantlyunlessresearcherscandevelopn
癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)是国际癌症基因组联盟最大的一个研究项目。该项目启动于2006年,耗资1亿美元,目的在于绘制1万个肿瘤基因组图谱。 如今来自16个国家的科学家已经通过通力合作完成了该项目,揭示了近10000个与癌症相关的基因突变。那么下一步科学家们该去做什么?一些科学家希望继续关注...
The Cancer Genome Atlas (TCGA): Performs detailed genomic characterization and analysis of cancer tissues in order to better understand the way in which genetic alterations in cancer affect disease. http://cancergenome.nih.gov/ View chapterExplore book Mutations: Driver Versus Passenger Scott W. Pir...