新版的PlantTFDB包含了320,370个转录因子,将转录因子分为58个家族,涵盖165个物种(见上图)。可以按物种/基因家族查询,也可以直接在右上角直接搜索转录因子 。 下面以拟南芥LFY转录因子为例,点击进入,可以看到非常多关于这个转录因子的信息,且每个部分标题旁边都提供了说明文档帮助解读,绿色字体是可跳转的连接,都可以点...
最近升级至PlantTFDB v5.0并转型为PlantRegMap(http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/),这一数据库不仅加强了转录因子的注释信息,还增加了种类丰富的功能,使研究者能够更为便捷地查询植物的转录因子。 新版PlantTFDB包含超过320,000个转录因子,分为58个家族,涵盖165个物种,为研究者提供了无可比拟的数据资源和分析工具...
一、 PlantTFDB数据库下载家族成员该数据从165种植物中鉴定了320,370个转录因子,并将其分为58个家族,包含了绿色植物的主要谱系。主要用于转录因子家族的分析,尤其是水稻和拟南芥的转录因子家族成员,可以直接作为已知的,用于未知物种的该家族成员的鉴定。该网站为了给TF家族提供全面的信息,对每个家族都做了简要的介绍和...
当提到"PlantTFDB"时，实际上是一个常用于表示"Plant Transcription Factor Database"的英文缩写，中文翻译为"植物转录因子数据库"。本文将深入解析这个缩写背后的含义，包括它的中文拼音（zhí wù zhuǎn lù yīn zǐ shù jù kù），以及它在学术界中的应用和分类。这个数据库专门用于存储和管理与...
PlantTFDB植物转录因子预测转录因子(Transcription Factor, TF),也称反式作用子(trans-actingfactor),是位于细胞核内能够与基因启动子区域中顺式作用元件发生特异性相互作用,从而调控目的基因以特定强度/时空表达的蛋白质分子。 植物转录因子不仅在植物体的生长发育和形态建成等生理活动中发挥重要的调控作用,而且还与植物体...
以上就是AnimalTFDB v4.0数据库的介绍以及相关使用方法,后续我们会再对植物相关的TF数据库PlantTFDB(http://planttfdb.gao-lab.org/)进行介绍,敬请期待~ 参考文献: [1]. Latchman DS. Transcription factors: an overview. The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. December 1997, 29 (12): ...
PlantTFDB和PlantRegMap是北京大学高歌课题组开始的目前使用最广泛的植物转录因子数据库,可以帮助我们方便快速的进行一系列转录因子分析。 图1 利用PlantTFDB数据库(http://planttfdb.gao-lab.org/index.php)对TF进行注释,该数据库已经对100多个物种进行了TF注释,如果我们研究的物种正好被注释且所选用的参考基因组一致...
PlantTFDB has a simple interface to allow users to search the database by IDs or free texts, to make sequence similarity search against TFs of all or individual species, and to download TF sequences for local analysis. 展开 关键词:
planttfdbtranscriptionplantdatabasecomprehensivefactor D966–D969NucleicAcidsResearch,2008,Vol.36,DatabaseissuePublishedonline12October2007 doi:10.1093/nar/gkm841 PlantTFDB:acomprehensiveplanttranscription factordatabase An-YuanGuo,XinChen,GeGao,HeZhang,Qi-HuiZhu,Xiao-ChuanLiu, Ying-FuZhong,XiaochengGu,Kun...
PlantTFDB3.0:aportalforthefunctionalandevolutionarystudyofplanttranscriptionfactorsJinpuJin,HeZhang,LeiKong,GeGao*andJingchuLuo*StateKeyLaboratoryofProteinandPlantGeneResearch,CollegeofLifeSciencesandCenterforBioinformatics,PekingUniversity,Beijing100871,P.R.ChinaReceivedSeptember16,2013;RevisedOctober5,2013;AcceptedOct...