最新版的PlantTFDB v5.0(http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/)升级为植物调控数据和数据分析平台PlantRegMap(http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/),该平台升级了 PlantTFDB 数据库,增加了新的功能: >更新了之前收集的转录因子的注释信息; >建立了“扩展转录因子库”(TFext)部分,方便用户快速访问新测序物种的转录...
一、 PlantTFDB数据库下载家族成员该数据从165种植物中鉴定了320,370个转录因子,并将其分为58个家族,包含了绿色植物的主要谱系。主要用于转录因子家族的分析,尤其是水稻和拟南芥的转录因子家族成员,可以直接作为已知的,用于未知物种的该家族成员的鉴定。该网站为了给TF家族提供全面的信息,对每个家族都做了简要的介绍和...
当提到"PlantTFDB"时，实际上是一个常用于表示"Plant Transcription Factor Database"的英文缩写，中文翻译为"植物转录因子数据库"。本文将深入解析这个缩写背后的含义，包括它的中文拼音（zhí wù zhuǎn lù yīn zǐ shù jù kù），以及它在学术界中的应用和分类。这个数据库专门用于存储和管理与...
PlantTFDB:植物调控的基础数据库 在众多转录调控数据库中,PlantTFDB(Plant Tranion Factor Database)尤为突出。最近升级至PlantTFDB v5.0并转型为PlantRegMap(http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/),这一数据库不仅加强了转录因子的注释信息,还增加了种类丰富的功能,使研究者能够更为便捷地查询植物的转录因子。 新版P...
利用PlantTFDB数据库(http://planttfdb.gao-lab.org/index.php)对TF进行注释,该数据库已经对100多个物种进行了TF注释,如果我们研究的物种正好被注释且所选用的参考基因组一致,可直接下载。 按照图1标注的顺序即可下载该数据库已经做好的转录因子注释。
植物转录因子数据库(Plant Transcription Factor Database,PlantTFDB)包含了从165个物种中预测的320370个转录因子,并将其分成了58个家族。PlantTFDB对每个识别的转录因子进行了全面的注释,信息非常丰富。 1.根据序列进行预测 操作步骤 i.点击上方“Prediction”; ...
在目前的研究中,通过使用来自每个簇的基因列表查询植物TF数据库(PlantTFDB),利用预先计算的相互作用,推断TF富集。总的来说,93个转录因子与图3簇1和3(组1)、簇10(组2)和簇11、13、14和15(组3)中的目标调控有关,大多数转录因子与簇3和10中的转录本相关(分别为22%和49%)(表1,fdr< 0.1)。如上所述,这...
2、打开PlantTFDB(5.0) 数据库链接如下:http://plantregmap.gao-lab.org/index.php 点击导航栏的Prediction按钮,即可打开预测页面。 图片.png 3、TF预测 然后输入你的基因序列,比如差异基因序列,即可开始在线分析: 图片.png 获得TF_and_best1_in_Ath.list文件 ...
基于JASPAR和PlantTFDB数据库,预测了靶向葡萄扩展蛋白家族成员的转录因子基因。预测葡萄扩展蛋白基因启动子区(上游2000 bp)的候选调控转录因子,构建基因调控网络。结果显示,预测有14个转录因子靶向调控VviEXPA37、VviEXPA38和VviEXPA39基因。其中,WOX13C靶向同时调控所有三个基因。DIVARICATA靶向同时调控VviEXPA38和VviEXPA...
基于大豆植物TF数据库(http://planttfdb./),来自五个主要TF家族(NAC、WRKY、MYB、ERF和AGAMOUS样)的210个编码TF的基因被鉴定为结节衰老诱导的(补充图S2C),表明转录因子可能在激活结节衰老过程中发挥重要作用。 3.3两种NAC转录因子促进大豆根瘤早期衰老 大量数据表明,相当数量的NAC TFs在调节叶片衰老中起着至关重要...