AnimalTFDB数据库(bioinfo.life.hust.edu.cn)收录经鉴定、分类和注释的97个物种全基因组水平125135个TF基因和80060个转录辅因子基因注释和预测数据,支持Famliy、Species或自定义的数据检索方式,提供2个在线预测工具Predict TF和Predict TFBS(分别用于批量预测转录因子和预测DNA序列转录因子结合位点),以及Blast工具和数据下...
AnimalTFDB是一个全面的数据库,有经过鉴定、分类和注释的183个物种全基因组水平的274633个转录因子基因和150726个转录辅助因子基因,并将转录因子分为73个家族,转录辅助因子分为82个家族。 进入官网(https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4/#/),首页简要介绍了AnimalTFDB收录内容和数据来源。分为Family、Species、Sear...
9引用数据库😉 🌟如何引用:👇 Shen WK, Chen SY, Gan ZQ, et al. AnimalTFDB 4.0: a comprehensive animal transcription factor database updated with variation and expression annotations [published online ahead of print, 2022 Oct 21]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac907. doi:10.1093/nar/gkac90...
转录因子(Transcription factors,TFs)在控制基因表达中起着关键的作用。对TFs的系统性识别和注释,随后是TF数据库的构建,可能充当了研究转录因子的功能和进化的有用资源。动物转录因子数据库AnimalTFDB4.0(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB4/#/)对97个动物基因组的转录因子(Transcription Factor)和转录辅助...
AnimalTFDB v4.0数据库结合欧易转录组分析结果使用:对于该网站包含的物种(可通过首页的TF species下载检索),可以基于我们常规分析结果中的基因id/序列在线预测/检索该基因的TF和TFBS,之后通过欧易云平台中的网络图交互工具(https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/interactive_network/)构建gene和TF之间的调控网络。
1. AnimalTFDB v4.0:AnimalTFDB是一个综合数据库,包括183种动物基因组中全基因组转录因子(TF)和转录辅因子的分类和注释。在AnimalTFDB v4.0中,总共包含27万个转录因子,根据它们的DNA结合域(DBD),进一步分为73个家族和六大类。同时,还有15万个转录辅因子,分为82个家族和六大类。AnimalTFDB提供关于动物转录因子和...
最新版的PlantTFDB v5.0(http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/)升级为植物调控数据和数据分析平台PlantRegMap(http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/),该平台升级了 PlantTFDB 数据库,增加了新的功能: >更新了之前收集的转录因子的注释信息; >建立了“扩展转录因子库”(TFext)部分,方便用户快速访问新测序物种的转录...
上期介绍了AnimalTFDB Family和Species两个模块的使用方法，本期将继续介绍其余四个模块的使用方法。Search 该模块提供了多种的搜索方式，从左至右分别为（1）按基因基础信息搜索：可输入Ensembl ID、Entrez ID或基因名称等信息，选择物种进行搜索；（2）按基因mRNA表达量搜索：数据来源TCGA，选择感兴趣的癌症搜索符合...
AnimalTFDB数据库由华中科技大学郭安源教授团队建立并维护,是一个多物种的全面的数据库,旨在为动物转录因子及其转录辅助因子提供最全面、准确的信息资源,包含来自97个动物基因组的125,135个转录基因和80,060个转录辅助因子基因,并根据转录因子DNA结合结构域(DNA-binding domain, DBD)将转录因子进一步分为73个家族,根据转...
我只能说你可以详细看看各自是通过什么方法鉴定的。可以手动到NCBI的CDD，SMART等数据库再确认一下他们的...