实际上,不提供TF-target直接互作信息,部分是因为通过TFBS profile预测转录调控互作的假阳性率太高了,而且,TF和target的互作非常复杂,受到很多时空以及环境因素的调节,所以,通过TFBS profile预测的转录调控,实际上可能毛关系都没有。 今天,我们就来介绍一个数据库,不仅仅直接提供了TF-target互作信息,而且还克服了很多数...
目前该数据库收录了已经报道的人和小鼠的6552对TF-target调控信息。 下面,我们看一下怎么使用这个数据库吧。 用途一:查询转录因子的靶基因,而且都是经过实验验证的靶基因。 选择物种,然后直接在查询栏中输入一个转录因子的gene symbol,点击submit,就出来结果了。 出来的结果包含3个部分: 第一部分是TP53的靶基因列表...
TFcancer: a manually curated database of transcription factors associated with human cancer 网址：http://lcbb.swjtu.edu.cn/tfcancer/index.html 复制上面的网址，打开以后是这样的 这个数据库很好使用，所有功能一目了然，可以搜索，浏览，下载，上传。浏览的网速也很快。该数据库通过手工整理1800多篇文献，收...
http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。 绘图代码: library(ggplot2)library(RColorBr...
TFcancer:a manually curated database of transcription factors associated with human cancer 网址:http://lcbb./tfcancer/index.html 复制上面的网址,打开以后是这样的 这个数据库很好使用,所有功能一目了然,可以搜索,浏览,下载,上传。浏览的网速也很快。该数据库通过手工整理1800多篇文献,收录3136个实验支持的364...
Cistrome数据库挖掘转录因子靶基因 | TF | target http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图
进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。
进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。