今天,我们就来介绍一个数据库,不仅仅直接提供了TF-target互作信息,而且还克服了很多数据库中假阳性很高的问题,这个数据库就是TRRUST(/trrust/)。 这个数据库最早是韩国人在2014年构建的,目前,这个数据库已经是第2个版本了。而且,TRRUST V2的文章,在2018年发表在大名鼎鼎的核酸研究上。 为什么说这个数据库能够克服...
TFcancer: a manually curated database of transcription factors associated with human cancer 网址：http://lcbb.swjtu.edu.cn/tfcancer/index.html 复制上面的网址，打开以后是这样的 这个数据库很好使用，所有功能一目了然，可以搜索，浏览，下载，上传。浏览的网速也很快。该数据库通过手工整理1800多篇文献，收...
http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。 绘图代码: library(ggplot2)library(RColorBr...
最新转录因子数据库:TFcancer,方便查询已验证的TF-target关系 TFcancer:a manually curated database of transcription factors associated with human cancer 网址:http://lcbb./tfcancer/index.html 复制上面的网址,打开以后是这样的 这个数据库很好使用,所有功能一目了然,可以搜索,浏览,下载,上传。浏览的网速也很快...
进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。
进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。
转录因子金标准数据库有 TRANSFAC 以及 JASPAR,但是这些数据都没有直接给出TF-target的互作关系,反而是提供位置频率矩阵 PFM 及 PFM 在染色体上的位置信息(小伙伴们可以想一想,为什么多数都没有直接提供TF-target互作信息呢?看谁能猜到一些)。 (图源网络) ...