某度百科中是这么介绍的:转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA片段,长度通常在5~20 bp范围内,一个转录因子往往同时调控若干个基因,而它在不同基因上的结合位点具有一定的保守性,又不完全相同。 好了,接下来我们看如何预测整个物种的转录因子和转录因子结合位点。 首先介绍...
情景一:如您在我们公司有做项目,那当结题报告和分析结果将会在百迈客云(BMKCloud)上进行展示,您可在测序项目中直接进行转录因子。 操作步骤:登录百迈客云首页(www.biocloud.net)——我的项目——报告——基因结构挖掘——转录因子预测,选择对应数据库(植物or动物),点击提交即可。Yes,就是这么easy! 情形二:利用...
iTAK 是依赖于数据库的用于从蛋白质或核苷酸序列中识别植物转录因子 (TF)、转录调节因子 (TR)和蛋白激酶 (PK),然后将单个 TF、TR 和 PK 分类为不同的基因家族的工具。 本人能力有限,本文可能存在描述不当与错误的地方,请仔细辨别后使用。 鉴定与依据 TFs 和 TRs 的识别和分类是基于主要从PlnTFDB(Perez-Rodrigu...
接着,选择TF-gene Interaction database,我们这里选择JASPAR数据库用于转录因子的预测。 很快,TF-gene的互作网络就完成了构建,如下,点击SIF,可下载sif格式的网络图文件导入到Cytoscape中进行分析和展示。 继续点击Proceed按钮,我们可以预览构建的TF-gene互作网络,默认的效果如下。 当然,我们也可以将网络图的背景调成白色...
RiceTFtarget是一个基于基因共表达、模式匹配和机器学习的预测转录因子和靶基因互作关系的在线工具。RiceTFtarget 收集了149个无冗余的水稻RNA-seq数据构建了水稻转录因子-靶基因共表达模型。除此之外,通过FIMO将TF识别基序扫描水稻基因启动子序列,获得假定的转录因子结合位点(TFBS)。借助水稻转录因子ChIP-seq数据,利用提...
作为一种构建转录因子调控网络的人工智能工具,DeepTFni可以帮助生物医学研究人员透过纷繁复杂的组学观测数据锁定关键的功能分子和通路,从而克服人工推理的局限性,显著提高研究效率。 北京大学李程研究员、清华大学江瑞长聘副教授和中国医学科学院陈阳研究员对于该工作提供的宝贵建议。
转录因子靶基因预测在线工具:多数据集取交集 Jingle进哥 蛋白互作数据库,植物转录因子数据库。 小农弘毅 36:27 TDThub 一个用于预测植物转录因子的DNA-binding位点的新网站 Kagaya_93 #单个基因的生物信息学分析-4#转录因子?上游下游一网打尽!!! 无Ct和没条带 ...
康奈尔大学,FeiLab的一个预测工具。 iTAK 是依赖于数据库的用于从蛋白质或核苷酸序列中识别植物转录因子 (TF)、转录调节因子 (TR)和蛋白激酶(PK),然后将单个 TF、TR 和 PK 分类为不同的基因家族的工具。 本人能力有限,本文可能存在描述不当与错误的地方,请仔细辨别后使用。
接着,选择TF-gene Interaction database,我们这里选择JASPAR数据库用于转录因子的预测。 很快,TF-gene的互作网络就完成了构建,如下,点击SIF,可下载sif格式的网络图文件导入到Cytoscape中进行分析和展示。 继续点击Proceed按钮,我们可以预览构建的TF-gene互作网络,默认的效果如下。
RiceTFtarget是一个基于基因共表达、模式匹配和机器学习的预测转录因子和靶基因互作关系的在线工具。RiceTFtarget 收集了149个无冗余的水稻RNA-seq数据构建了水稻转录因子-靶基因共表达模型。除此之外,通过FIMO将TF识别基序扫描水稻基因启动子序列,获得假定的转录因子结合位点(TFBS)。借助水稻转录因子ChIP-seq数据,利用提...