转录因子(TF)研究思路,这些模式你晓得吧?(上)最后考虑到在trcp介导foxn2泛素化和降解中需要蛋白激酶的参与结合软件预测和ip的方法找到了与foxn2特异性结合的激酶rsk2然后对rsk2进行干预表达后检测foxn2表达水平invivoubiquitinationassay检测foxn2泛素化水平以及半衰期来验证rsk2是trcp介导foxn2泛素化和降解中的关键激酶...
首先是TFAP4过表达后对Wnt/β-catenin通路及下游分子的表达/定位调控: 其次是找到了TFAP4直接结合的靶基因(DVL1和LEF1)启动子(DNA)序列,并通过干预表达、Luciferase reporter assay、ChIP-qPCR和挽救实验来证明TFAP4对DVL1和LEF1的直接结合和转录调控: 最后回归临床,研究的是TFAP4与靶基因DVL1、LEF1 及Wnt通路蛋...
首先是TFAP4过表达后对Wnt/β-catenin通路及下游分子的表达/定位调控: 其次是找到了TFAP4直接结合的靶基因(DVL1和LEF1)启动子(DNA)序列,并通过干预表达、Luciferase reporter assay、ChIP-qPCR和挽救实验来证明TFAP4对DVL1和LEF1的直接结合和转录调控: 最后回归临床,研究的是TFAP4与靶基因DVL1、LEF1 及Wnt通路蛋...
从机制上说,如果我们以circ-Cul2(circRNA-10720)为参考,那么Twist1就是上游调控分子;而如果以Twist1为参考,circ-Cul2(circRNA-10720)就是下游分子,也就是我们说的靶基因,这个时候就可以参考转录因子(TF)研究思路,这些模式你晓得吧?(上)一文中的第一个研究模式了: 只不过在上面的模式中,研究主角是转录因子,在...
在上一期转录因子(TF)研究思路,这些模式你晓得吧?(上)一文中,我们分别从两个角度(一、转录因子调控下游靶基因和信号通路 和二、转录因子被激酶磷酸化(泛素化)修饰)介绍了转录因子这类编码基因的研究模式: 今天我们结合两篇文章来说一个方向:转录因子调控circRNA表达的套路和工具。
转录因子(TF)研究思路,这些模式你晓得吧?(上) 更细致的调控网路分析: Plant Physiol. | 高效全面挖掘转录因子调控网络的新策略 更深入的机制: DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their 552 binding specificity【Nature丨转录因子结合核小体的五种方式(全景图)】 ...
核心思路:通过共表达筛选candidate target genes,多重验证,然后通过promoter的TF motif binding来找到更可信的直接target genes,然后通过实验验证,一篇小项目就完成了。 完整的paper案例看这里: 转录因子(TF)研究思路,这些模式你晓得吧?(上) 更细致的调控网路分析: ...
最后回归临床,研究的是TFAP4与靶基因DVL1、LEF1 及Wnt通路蛋⽩在临床样本中的表达及 相关性:这样的⼀个研究可以说是转录因⼦往下游研究的最常见和经典套路了,我们通过⼀张思路图进 ⾏展⽰:好,第⼀个套路就讲到这⾥,整套研究做下来,⼀般发表的⽂章分数5-8分,⽐较适合青年和地 ...
转录因子(TF)研究思路,这些模式你晓得吧?(下) 在上一期转录因子(TF)研究思路,这些模式你晓得吧?(上)一文中,我们分别从两个角度(一、转录因子调控下游靶基因和信号通路 和二、转录因子被激酶磷酸化(泛素化)修饰)介绍了转录因子这类编码基因的研究模式: 今天我们结合两篇文章来说一个方向:转录因子调控circRNA表达...
转录因子(TF)研究思路,这些模式你晓得吧?(上) 更细致的调控网路分析: Plant Physiol. | 高效全面挖掘转录因子调控网络的新策略 更深入的机制: DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their 552 binding specificity【Nature丨转录因子结合核小体的五种方式(全景图)】 ...