😏 与RNA-seq不同,ATAC-seq、ChIP-seq数据的基因组感兴趣区域不是预先确定的,而是特定于每个实验条件的,限制了条件之间的后续差异分析。 今天就试试表观遗传学的time course分析吧。🥰 2用到的包 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 rm(list=ls())library(tidyverse)library(TCseq) 3示例...
TCseq包提供了一个统一的套件去处理不同时序类型的数据分析,它不仅可以应用于转录组,蛋白组,还可以处理ATAC-seq,ChIP-seq等表观基因组的数据。这里仅简单学习转录组/蛋白组数据处理。基因表达时序分析 TCseqTCseq包提供了一个统一的套件去处理不同时序类型的数据分析,它不仅可以应用于转录组,蛋白组,还可以处理ATAC-...
#查看每个蛋白所属的聚类群,展示前几个为例head(tcseq_cluster@cluster)#统计每个聚类群中各自包含的蛋白数量table(tcseq_cluster@cluster)#上述聚类过程中,通过计算 membership 值判断蛋白质所属的聚类群,以最大的 membership 值为准 #查看本次计算的各蛋白的 membership 值,展示前几个为例head(tcseq_cluster@membe...
接下来就到了趋势分析的换件了,为了检测数据的时序模式,TCseq包使用了非监督聚类的方法,首先通过聚类创建一个时程表,行为基因组区域信息,列为时间点,表中的数值可以选择标准化后的表达量值或者是基于初始时间点所有样品点的LogFC值,代码中通过value参数来调整,另外若设置filter = TRUE时候,将自动过滤在任何两个时间...
部件名TCSEQM113M13M 下载TCSEQM113M13M下载 文件大小110.71 Kbytes 页2 Pages 制造商SCHNEIDER [Schneider Electric] 网页https://www.se.com/us/en/ 标志 功能描述CONNEXIUMTESYSPORTETHERNETINTERFACE Main Communication Port Protocol SSH HTTP HTTPS SNMP ...
TCseq包提供了一个统一的套件去处理不同时序类型的数据分析,可以应用于转录组或者像ATAC-seq,Chip-seq的表观基因组时序型数据分析。该包主要的集中于不同时间点的差异分析,时间趋势分析及可视化作图。 该包发布在Bioconductor上,可去网站下载详细文档:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCseq.html ...
TCSEQiXRMAyWemiwTrTP6mbm9f26CckdCU 更多 设置私人标签 本链资产总价值 $0.02 +0.31% TRX 持仓 0.093925 TRX( $0.02 ) USDT 持仓 0USDT USDC 持仓 0USDC 发送方/接收方 交易状态: 全部 交易类型: 全部 共计0 笔交易 仅展示数量 ≥ 1 的 TRX 交易 ...
TCseq包可以应用于转录组,单细胞转录组,ATAC-seq,Chip-seq等的表观基因组时序型数据分析。该包主要用于不同时间点的差异分析,时间趋势分析及可视化作图。 官网:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCseq.html ## 下载if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager...
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