例如“聚类群数量是手动分配的,我聚为几类最佳?”,“其它类型的数据能用TCseq包分析吗?”等问题,可以参考前文“使用Mfuzz包分析基因表达的时间趋势并划分聚类群”的提示,它们的工作过程差不多。
接下来就到了趋势分析的换件了,为了检测数据的时序模式,TCseq包使用了非监督聚类的方法,首先通过聚类创建一个时程表,行为基因组区域信息,列为时间点,表中的数值可以选择标准化后的表达量值或者是基于初始时间点所有样品点的LogFC值,代码中通过value参数来调整,另外若设置filter = TRUE时候,将自动过滤在任何两个时间...
接下来就到了趋势分析的换件了,为了检测数据的时序模式,TCseq包使用了非监督聚类的方法,首先通过聚类创建一个时程表,行为基因组区域信息,列为时间点,表中的数值可以选择标准化后的表达量值或者是基于初始时间点所有样品点的LogFC值,代码中通过value参数来调整,另外若设置filter = TRUE时候,将自动过滤在任何两个时间...