4 T细胞受体测序(TCR seq)，采用多重扩增的手段获取TCRβ的CDR3区域，结合高通量测序技术，结合生物信息学分析手段，分析VDJ重排的方式等，广泛应用于肿瘤免疫、自身免疫性疾病、器官移植免疫监测、疫苗注射免疫监测等领域。
· 添加UMI与UDI建库,用以校正错误reads、减少index hopping,结果更可靠; · 可自由选择Miseq平台(分析V(D)J 全长),或是其它Illumina平台(分析CDR3); · 流程完整,使用Cogent NGS Immune Profiler Software可完成测序数据分析。 从实验结果来看,添加UMI能将掺入的Jurkat RNA TRBV12-3克隆型的检测极限下探至0.0...
因此,最近的几项研究已经成功地将该平台用于TCR的发现,方法是用感兴趣的抗原刺激T细胞,然后进行scRNAseq。这使得研究人员能够通过增加效应细胞因子(如IFN-γ,TNF-α和/或IL-2)来鉴定抗原特异性T细胞,然后从相同的数据集中获得激活细胞的TCR α和β链的转...
针对TCR序列的单细胞RNA测序(scRNA-seq)的发展也促进了从启动的T细胞中识别TCR。将ScTCR-seq与深度测序相结合,以确定抗原刺激后表达高水平激活标记的T细胞的TCR序列,从而在该过程的早期选择高功能的TCR。条形码四聚体、条形码抗体和scRNA-seq的组合允许识别具有多肽特异性激活特征的功能性TCRs...
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使用单细胞联合RNA + VDJ测序(scRNA + VDJ-seq)直接从T细胞中确定TCR序列和肿瘤反应性。 验证TCR的肿瘤反应性的过程需要生成能够准确概括肿瘤的突变景观和表位处理能力的肿瘤模型,这一过程因许多肿瘤的空间异质性而变得复杂。这样做的结果是,现有的数据集可能会由于假阴性的TCR检测结果而产生噪声,其中肿瘤模型缺乏许多...
几种组学技术用于获取TCR序列。其中一种方法是谱系测序(AIRR-seq),用于系统分析TCR,从而确定其序列和多样性。单细胞测序技术是另一种正在积极开发的方法,通过DNA和RNA分析提供更精确的免疫细胞中受体分布数据。该技术能够识别形成TCR的具体α和β链,提高分析分辨率。
1.Bulk RNA-seq实验:构建小鼠模型(处理组:burn injured;对照组:uninjured),Day0和Day7取样烧伤部位的引流淋巴结,流式分选CD44highTreg和CD44lowTreg分别用于bulk RNA-seq和bulk TCR-seq,用于分析基因表达异质性和TCR克隆异质性; 2.scRNA-seq实验:构建小鼠模型(处理组:burn injured;对照组:uninjured),Day0和Day7...
现有的新抗原预测的经典完整工作流程可概括为以下几个步骤:①对PBMC或正常组织和肿瘤组织进行全外显子测序(WES),以鉴定肿瘤特异性突变肽;②通过外周血细胞中的RNA-seq或DNA-seq分析HLA分型;③预测突变肽与MHC分子之间的亲和力;④优先考虑候选肽的TCR识别。目前,已经为每一步建立了许多有价值的生物信息学工具,因此...
创始人团队来自美国芝加哥大学,在2010年开始使用免疫组测序技术开展各种疾病相关研究,于2016年通过自主研发,全国首家推出Seq-MRD血液肿瘤微小残留病(MRD)检测,并授权泛生子(纳斯达克代码:GTH)使用。同时,公司拥有Immun-Traq肿瘤治疗伴随诊断、Immun-Cheq |T细胞免疫测评以及ImmuHub免疫组测序科研服务产品,并布局有基于AI机器...