直到高通量测序技术的出现,使得研究人员第一次能够大批量对TCR序列进行并行分析。目前仍然缺少一种金标准,因为每种方法都有其优缺点。 2.选择合适的实验材料进行TCR测序 老师在选择TCR项目之前材料选择至关重要,究竟是选择DNA还是RNA都有各自的应用场景,各自有各自的优缺点。DNA层面会有更高的稳定性,并且可以以单细...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
TCR库是体内TCR集合,也被认为是对于抗原特异性评价T细胞反应的新指标。新一代测序(NGS)技术TCR测序使个体TCR序列可以被检测出来。目前,TCR全库分析已被广泛应用于感染性疾病(6)、移植免疫(7)、肿瘤免疫(8)等多个医学领域。在本文中,作者对TCRseq方法进行...
测序方法：TCR测序方法包括多重PCR、目标区域捕获和5’ RACE扩增。多重PCR适用于DNA和RNA样本，可同时扩增α链和β链；目标区域捕获方法处理α和β链，减少PCR偏好性影响；5’ RACE法合成完整cDNA，覆盖完整V基因，保留TCR和VDJ区域。TCR分析方法： 技术限制解决：TCR分析需解决测序仪读取错误...
对于T细胞的发育过程来说,针对细胞群体测序,只能提供单个TCR链的频率信息,却不能与细胞进行一一配对,而通过单细胞测序的方式能够进行更为细致的研究。同时,在对特定免疫反应的研究中,通过单细胞TCR测序分析,可以减少群体细胞间异质性信息的干扰。 我们知道一种TCR受体往往在一种类型的免疫反应中发挥作用。因此,对单个...
03 /研究方法a) FACS 分析(Fluorescence activated Cell Sorting 流式细胞分选技术)b) 建立 T 细胞特异性组c) TCGA 数据的 GSEA 分析((Gene Set Enrichment Analysis):基因集富集分析)d) 抗原特异性 CD8 T 细胞的 FACS 分选e) 单细胞 ...
表1. 捕获测序相关试剂 测序数据下机后经 fastp 质控,然后使用 MiXCR[1]进行 TCR 克隆型鉴定及统计,最后利用 VDJtools[2]进行进一步的克隆统计分析。MiXCR 是常见分析免疫组库的生信软件之一,内置基于 GenBank 的人类和小鼠相应基因座的 V、D、J 和 C 基因序列库。它可以快速有效处理单双端测序数据,并一定程度...
为了评估肝再生过程中肝内αβT细胞中 TCRβ 免疫库的变化,对四组(PHx前和PHx 后6小时,实验组和对照组)样本进行TCRβ高通量测序,检测到所有样品的23种不同Vβ基因片段和13种不同Jβ基因片段。 频率最高的Vβ基因片段是TRBV13-2(PHx前17.82%,PHx后20.76%)和TRBV1(PHx前 17.67%,PHx后 20.43%)。频率最...
TCR & BCR 测序的建库方法 常用的两种方法是mPCR (多重PCR)和5’RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)。mPCR支持DNA或RNA起始,通常包括两轮PCR。第一轮PCR可扩增出受体基因座,并添加用于二轮PCR引物位点的已知序列,测序接头与index随后整合。然而,第一轮PCR overlap sites的引物位点存在高度多样性,需大量简并引...
我们总结了几种常用的T C R库分析工具，为非生物信息专业的科研 人员选择分析工具提供参考。[关键词]T细胞受体(T C R)库；高通量测序；国际免疫基因信息系统（I M G T);综述 [中图分类号]R392.12, G353.U[文献标志码]A T cell receptor (TCR) repertoire and common analytical tools for high-...