前文免疫组库测序打开药物研发新视野(五):TCR免疫组库测序在肿瘤免疫治疗中的应用(上)以TRB为例,从克隆多样性、CDR3长度分布、V-J基因使用频率分布等方面对单个样本的TCR免疫组库测序结果进行了简单展示。 本文将对受检者*经治疗后的不同时间节点的样本进行 T 细胞受体基因克隆鉴定检测,对每个样本 TCR 的克隆比...
熙宁|精翰NGS实验室开发了成熟的免疫组库测序生信分析流程,对检测样本进行 T 细胞受体基因克隆鉴定检测,并对受检者的不同时间节点的样本进行 T 细胞受体基因克隆鉴定检测,对特定的TCR 的克隆比例,克隆多样性、V/J 基因的使用频率进行统计,识别样本间的共有克隆,并追踪不同样本 TCR 指标的动态变化,如克隆总数、克...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
然而,在将患者分为STS组和LTS组后,在CDR3和全长测量中,输注到LTS的CTL具有明显更高的TCR多样性(图1a, 1b)。 尽管样本量限制了某些亚组的统计学意义,但对于几乎所有HLA在不同类型中,LTS组的TCR库多样性更高(图1c-h),表明观察到的CTL库多样性缺乏HLA偏倚。总之,这些发现表明,在CTL生产过程中,多样化EBV特...
TCR库是体内TCR集合,也被认为是对于抗原特异性评价T细胞反应的新指标。新一代测序(NGS)技术TCR测序使个体TCR序列可以被检测出来。目前,TCR全库分析已被广泛应用于感染性疾病(6)、移植免疫(7)、肿瘤免疫(8)等多个医学领域。在本文中,作者对TCRseq方法进行...
与TCR克隆性、多样性、不同的序贯治疗、测序深度等其他变量相比,TCR收敛性和临床结果的相关性最显著(图6E)。总之,TCR收敛是接受ICB治疗的患者的独立预后预测因子。 图6.TCR的收敛水平与ICB治疗的临床结果相关 02 TCR收敛与CTLA-4治疗反应相关 在一组包含透明细胞腺癌、黑色素瘤和前列腺癌患者的队列中评估TCR收敛性...
基于多重PCR(Multiple PCR)的方法可以同时扩增α链和β链,但是这种方法通常在文库制备和测序这两个环节会造成一定的误差。无论如何,PCR扩增法已被证实能够提高结果的准确性和特异性。 CDR3是许多TCR测序优先选择的研究目标区域,因为CDR3的TCR能够与多肽以及抗原直接项目作用。
这个问题,目前也是不清楚的。来自斯坦福大学医学院的研究团队,从接受 PD- 1 抗体治疗前后的基底细胞癌(BCC)或鳞状细胞癌(SCC)患者身上采集了 79046 个细胞(包括癌细胞和各种免疫细胞),进行了单细胞 RNA 测序和 TCR 测序。基于单细胞 RNA 测序结果,细胞分成 19 个亚群。
发表于Science Translational Medicine上的一篇文章对此进行了研究,通过TCR测序揭示了小鼠和人类移植后T细胞库的组织特异性特征,从而提供了对GVHD病理机制的新见解。 发表期刊:Science Translational Medicine 发表日期:2023年7月 影响因子:19.343 研究方法:作者收集了一系列患有类固醇难治性GVHD的患者的尸检样本,包括食道、...
单细胞TCR测序识别出了3种CD8+T细胞的主要克隆型。其中一种克隆型在NEO-PV-01治疗前肿瘤活检中缺失,在治疗后肿瘤中富集,并在体外细胞杀伤验证实验中有针对性的只对带有RICTOR基因突变的肿瘤细胞系进行杀伤。另一例患者的外周血中发现了溶细胞性外周CD4+T细胞,这些细胞特异性识别免疫肽IM07并分泌多种细胞因子。通过...