TCGA数据库官网入口网址,下载注册,登录,肿瘤基因组图谱计划 简介 TCGA数据库即肿瘤基因组图谱计划,由美国国家癌症研究所(NCI)和国家人类基因组研究所(NHGRI)合作建立,通过收集整理多种癌症相关的各种组学数据,提供了一个大型的癌症研究参考数据库,包括:Clinical、mRNA、microRNA、CopyNumber、Mutation、Protein、Methylation...
第一步,打开TCGA网址:https://portal.gdc.cancer.gov 第二步,点击导航栏最右侧的 Repository,进入仓库 第三步,点击左侧导航栏的 Cases后,找到 Program项目中的 TCGA,再找到 Project 中的ACC 第四步,点击左侧导航栏的 Files后,按照下图所示,分别选择选项 此时,我们会看见我们所选择的筛选条件显示在右侧,并且也能...
按照NCI官网布局,TCGA应该属于Research Area里的Cancer genomics research,如下图: 在这个页面果然找到了TCGA的蓝色超链接,如下图: 点进这个超链接之后,就看见我们熟悉的界面(即从浏览器搜索TCGA进入的官网界面)。同学们不要疑惑为什么进来不是一个数据库的样式,不要怀疑!我们进入的是对的网站!接下来再带大家深入了...
登陆TCGA数据库GDC界面:https://portal.gdc.cancer.gov/ TCGA GDC界面 首先确保Cart中没有之前的文件记录,如果有其他文件(即文件数不为0),清空Cart。 核对Cart已清空 如果Cart文件数不为0,则点击进入Cart界面进行清空。 清空Cart 2. 选择样本类型及性质: ...
# 下载这一步就不用了,我们是通过官网手动下载的~ #GDCdownload(query, files.per.chunk = 100) #每次下载100个文件 # 整理,网友在这一步遇到了报错!!! GDCprepare(query,save = T,save.filename = "tcga_read.rdata") Error in GDCprepare(query, save = T, save.filename = "tcga_read.rdata")...
https://www.jianshu.com/p/3b4c07f7e5f3 或者另一个包,官方网址如下,但是缺点是这种方法只能整理出Count格式的数据 https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GDCRNATools/inst/doc/GDCRNATools.html
操作系统:MAC OS 1. 登陆TCGA网站 https://portal.gdc.cancer.gov 2. 点击repository 3. File和Case分别选择如下 4. Add all files to cart 5. 分别下载箭头处的文件 image.png Manifest 解释文件 cart 基因文件 BioSpecimen 解释生物多样性的文件
下载TCGA数据时,可以采用多种方式进行下载,有使用R 相关的packags进行下载,最新的数据最好是从TCGA官网进行下载。 1.使用官网网页进行下载 如果需要下载的数据量不大,可以直接在官网进行下载 1.1 选定所需要下载的数据 image.png 根据需要分析的数据,选定数据后,在右方加入购物车 ...
首先需要下载符合系统的GDC Data Transfer Tool:见官网:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 然后在TCGA官网,选好自己的数据集,得到gdc_manifest文件,并且把解压好的gdc-client软件放在同一个文件夹,这里有个很重要的地方,也是比较简单的,打开Terminal到当前文件夹。
打开这个页面后,你需要选择你想要下载的东西,这个数据库下载东西逻辑是很清晰的,比如你想要下载TCGA的直肠癌的常规转录组的mRNA数据,首先你要点击Repository,下面箭头指的两个地方,任意点一个就行,都是一样的: 点完了之后会进入到这个界面: 这里你只要关注左侧这一栏的东西就好了,你现在的需求是下载TCGA的直肠癌的...