TCGA数据库官网入口网址,下载注册,登录,肿瘤基因组图谱计划 简介 TCGA数据库即肿瘤基因组图谱计划,由美国国家癌症研究所(NCI)和国家人类基因组研究所(NHGRI)合作建立,通过收集整理多种癌症相关的各种组学数据,提供了一个大型的癌症研究参考数据库,包括:Clinical、mRNA、microRNA、CopyNumber、Mutation、Protein、Methylation...
第一步,打开TCGA网址:https://portal.gdc.cancer.gov 第二步,点击导航栏最右侧的 Repository,进入仓库 第三步,点击左侧导航栏的 Cases后,找到 Program项目中的 TCGA,再找到 Project 中的ACC 第四步,点击左侧导航栏的 Files后,按照下图所示,分别选择选项 此时,我们会看见我们所选择的筛选条件显示在右侧,并且也能...
登陆TCGA数据库GDC界面:https://portal.gdc.cancer.gov/ TCGA GDC界面 首先确保Cart中没有之前的文件记录,如果有其他文件(即文件数不为0),清空Cart。 核对Cart已清空 如果Cart文件数不为0,则点击进入Cart界面进行清空。 清空Cart 2. 选择样本类型及性质: ...
按照NCI官网布局,TCGA应该属于Research Area里的Cancer genomics research,如下图: 在这个页面果然找到了TCGA的蓝色超链接,如下图: 点进这个超链接之后,就看见我们熟悉的界面(即从浏览器搜索TCGA进入的官网界面)。同学们不要疑惑为什么进来不是一个数据库的样式,不要怀疑!我们进入的是对的网站!接下来再带大家深入...
https://www.jianshu.com/p/3b4c07f7e5f3 或者另一个包,官方网址如下,但是缺点是这种方法只能整理出Count格式的数据 https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GDCRNATools/inst/doc/GDCRNATools.html
首先需要下载符合系统的GDC Data Transfer Tool:见官网:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 然后在TCGA官网,选好自己的数据集,得到gdc_manifest文件,并且把解压好的gdc-client软件放在同一个文件夹,这里有个很重要的地方,也是比较简单的,打开Terminal到当前文件夹。
下载TCGA数据时,可以采用多种方式进行下载,有使用R 相关的packags进行下载,最新的数据最好是从TCGA官网进行下载。 1.使用官网网页进行下载 如果需要下载的数据量不大,可以直接在官网进行下载 1.1 选定所需要下载的数据 image.png 根据需要分析的数据,选定数据后,在右方加入购物车 ...
在下载TCGA数据之前,你可能需要一些背景知识,比如TCGA的33癌症简称和英文名,拷贝数变异、单核苷酸多态性、甲基化等的英文,建议自己百度下哦~ 下面正式开始: 首先你要到这个网址:https://portal.gdc.cancer.gov/,进入下面这个界面,如果你打不开这个页面,那你的下载大概率也会有问题的,因为这个对网络有要求!
TCGA官网下载的数据也可以用TCGAbiolinks包搞定,只需2行代码! 但是总是遇到以下报错: # 查询这一步是需要的!即使网在烂,这一步应该可以成功的... query <- GDCquery(project ="TCGA-READ", data.category ="Transcriptome Profiling", data.type ="Gene Expression Quantification", ...
# 下载这一步就不用了,我们是通过官网手动下载的~ #GDCdownload(query, files.per.chunk = 100) #每次下载100个文件 # 整理,网友在这一步遇到了报错!!! GDCprepare(query,save = T,save.filename = "tcga_read.rdata") Error in GDCprepare(query, save = T, save.filename = "tcga_read.rdata")...