2. 更新后的TCGA RNA-seq数据的下载与读取 数据更新后,一些既往常用的数据下载和读取方法有所变化,本着“喂(bu)饭(yan)到(qi)口(fan)”的分享精神,此次我们重点介绍2种主要的数据下载和读取方法供大家享用。 2.1应用R包TCGAbiolinks下载和读取TCGA RNA-seq数据 TCGAbiolinks是一个常用的强大的检索、下载和预处理...
一、从UCEC数据库提取并下载转录组数据: ✅ 打开我们的UCEC网址:xena.ucsc.edu/ ✅ 点击DATA SETS跳转到数据合集界面 ✅ 选取我们需要下载的病种以及数据类型(这里我们以下载TCGA UCEC子宫内膜癌RNA-Seq为例) ✅我们点击这两个地方下载我们需要的数据,并设置好目录以防在R语言里读取出错 ✅最后我们一共获...
2. 更新后的TCGA RNA-seq数据的下载与读取 数据更新后,一些既往常用的数据下载和读取方法有所变化,本着“喂(bu)饭(yan)到(qi)口(fan)”的分享精神,此次我们重点介绍2种主要的数据下载和读取方法供大家享用。 2.1应用R包TCGAbiolinks下载和读取TCGA RNA-seq数据 ...
2. 更新后的TCGA RNA-seq数据的下载与读取 数据更新后,一些既往常用的数据下载和读取方法有所变化,本着“喂(bu)饭(yan)到(qi)口(fan)”的分享精神,此次我们重点介绍2种主要的数据下载和读取方法供大家享用。 2.1应用R包TCGAbiolinks下载和读取TCGA RNA-seq数据 TCGAbiolinks是一个常用的强大的检索、下载和预处理...
1.首先进入TCGA官网 TCGA官网网址:GDC (cancer.gov)[https://portal.gdc.cancer.gov/] 2.注意所圈出的Cart,如果C...
作为生物信息分析程序猿,经常会使用到TCGA的数据,现将下载步骤整理如下: 1.登录TCGA数据获取网站:https://portal.gdc.cancer.gov/ 2.在搜索栏搜索自己关注的癌症类型: 3.选择下载的数据类型:(我需要下载的是RNA-Seq数据) 4.对数据进行进一步筛选:(可根据自己需求筛选) 5.将所有文件添加到购物车:(此购物车非彼...
数据准备 首先,我们需要从TCGA数据库下载RNAseq数据,通常这些数据以TSV(制表符分隔值)格式存储。下载的数据文件一般包含样本ID、基因名以及相应的表达量。 R语言读取TSV数据 在R中,我们可以使用read.csv或read.table函数来读取TSV文件。以下是一个示例代码,用于读取TCGA的RNAseq数据: ...
3. TCGA RNA-seq数据的下载和整理临沐清风编辑于 2023年12月07日 01:14 这部分最后一直出error,显示有个文件permission denied。网上的解决方案上课让我调整名称或者用管理员运行,但都不行 分享至 投诉或建议评论 赞与转发0 0 2 0 0 回到旧版 顶部登录哔哩哔哩,高清视频免费看! 更多登录后权益等你解锁...
原来TCGA数据库的下载,使用TCGAbiolinks包是否还可以处理数据,我还没有试,但下载数据应该是没有问题的。 当然,为了方便,我也将2个函数封装成了一个函数: getTCGA_RNAseq_data=function(dataPath,json,data_type){###从json文件获取信息 metadata_json<-rjson::fromJSON(file=json)json_info<-do.call(rbind,lap...
现UCSC xena已经将TCGA数据汇总整理得很好了,连表达矩阵都已转换完成。 但如果有心就会发现,UCSC上的RNAseq数据有3个下载链接,以下将以 cohort: TCGA Breast Cancer (BRCA)为例做一整理说明: https://xenabrowser.net/datapages/?cohort=TCGA%20Breast%20Cancer%20(BRCA)&removeHub=https%3A%2F%2Fxena.treehous...