进入官网主页，此时可以点击Cohort Builder进行数据库筛选 以直肠腺癌为例，先在Program中选择TCGA数据库，...
3. 基于CECT的IL1B放射组学模型的构建和验证 在TCGA有RNA-Seq数据的483名患者中,139名患者的具有相应CECT数据(来自TCIA数据库),用于开发IL1B表达的放射组学模型。基于139个CECT数据,使用PyRadiomics提取放射组学特征,将97个组内相关系数(ICC)值≥ 0.80的放射组学特征纳入后续分析。139名患者以6:4的比例被随机分配...
摘要:目的 探讨基于癌症基因组图谱(TCGA)/癌症成像档案馆(TCIA)的CT放射组学对膀胱癌(BLCA)经典致癌信号通路状态无创预测的价值。方法 从TCGA/TCIA公共数据库筛选的69例BLCA患者(训练队列55例,验证队列14例)回顾性地纳入本研究,并用于分析放射组学与P13K、RTK RAS、NOTCH以及TP53经典致癌信号通路状态的关系。基于增强C...
肿瘤数据库TCGA想必不用多说,大家都很熟悉。TCIA(The Cancer Immunome Atlas,肿瘤免疫图谱数据库),看着TCGA只差一个字母,顾名思义也是一个肿瘤相关的数据库。但是呢TCIA确实是基于TCGA数据库开发的,不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析。 网址:https://tcia.at/home 数据库中包含的20种肿瘤,我们可以点...
(1)如果是TCGA样本 可以直接下载TCIA数据库中的IPS评分结果。 (2)非TCGA样本 以及 TCIA中没有的癌种,使用IOBR 预测IPS评分。 一TCIA数据库 TCIA(https://tcia.at/home)上提供了TCGA中的20种实体瘤分析后的IPS结果 ,可以直接下载使用。 点击官网https://tcia.at/home进去后如下图所示的交互,鼠标悬停在需要的...
Epstein-Barr virusradiomicsstomach neoplasmsOBJECTIVE. The purpose of this study was to investigate the value of TCGA-TCIA (The Cancer Genome Atlas and The Cancer Imaging Archive)-based CT radiomics for noninvasive prediction of Epstein-Barr virus (EBV) status in gastric cancer (GC).Zhao, Hui...
‘intrinsic’ cancer molecular subtypes normal-like, luminal A, luminal B, HER2-enriched, and basal-like were also available. Note that this TCGA/TCIA data set of breast cancer cases is significant (although limited in size) since it represented the largest publicly available set of breast MRIs...
肿瘤数据库除了TCGA,还有TCIA!虽然华人科学家陈列平教授遗憾地与2018年诺贝尔生理医学奖失之交臂,但陈教授在推动肿瘤免疫治疗方面确实做出了巨大的贡献,且矢志不移地相信着肿瘤免疫相关研究将迎来一波热潮。没错,就是这样的,TCIA就是基于TCGA数据开发的,不同的是TCIA
TCIA就是基于TCGA数据开发的,不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析。 看网站首页的介绍就知道,这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的。这里的20个癌种,点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种,侧边的栏目则提供一些个性化选择。 01 Patients list模块
TCGA曰:我要为TCIA打call! 虽然华人科学家陈列平教授遗憾地与2018年诺贝尔生理医学奖失之交臂,但陈教授在推动肿瘤免疫治疗方面确实做出了巨大的贡献,且矢志不移地相信着肿瘤免疫相关研究将迎来一波热潮。 所以酸谈就要给大家来介绍一波肿瘤免疫数据库,毕竟没有干货的酸谈不是好的解螺旋嘛。首先给大家介绍的工具叫TCIA(...