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没错,就是这样的,TCIA就是基于TCGA数据开发的,不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析。 看网站首页的介绍就知道,这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的。这里的20个癌种,点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种,侧边的栏目则提供一些个性化选择。 01 Patients list模块 TCIA分别对每个病人进行分析...
TCIA数据库这个模块用来展示各免疫细胞在某种癌种中的富集百分比。图中圈的面积越大富集程度越大。 5.Heterogeneity TCIA数据库这个模块对每个样本的癌症抗原和遗传特征进行了分析,包括肿瘤异质性和克隆性,以方便分析免疫特征和肿瘤的遗传特征。结果示意图如下: 6.Neoantigens模块 TCIA数据库这个模块用来提供疾病的突变数...
首先给大家介绍的工具叫TCIA(The Cancer Immunome Atlas, 网站:https://tcia.at/home),听着是不是跟TCGA很像,同门兄弟似的。 没错,就是这样的,TCIA就是基于TCGA数据开发的,不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析。 看网站首页的介绍就知道,这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的。这里的20...
TCGA曰:我要为TCIA打call! 虽然华人科学家陈列平教授遗憾地与2018年诺贝尔生理医学奖失之交臂,但陈教授在推动肿瘤免疫治疗方面确实做出了巨大的贡献,且矢志不移地相信着肿瘤免疫相关研究将迎来一波热潮。 所以酸谈就要给大家来介绍一波肿瘤免疫数据库,毕竟没有干货的酸谈不是好的解螺旋嘛。首先给大家介绍的工具叫TCIA(...
TCIA数据库这个模块用来提供疾病的突变数和突变压力展示,也可以分析预测到的新抗原。结果示意如下: 小结: TCIA数据库提供来自TCGA和其他数据源的20种实体肿瘤NGS数据的全面免疫基因组分析结果,我们可以进行基因表达与生存分析的关联分析,还可以进行免疫细胞浸润分析、新抗原预测,同时提供的IPS计算也可给大家的NGS数据分析...
摘要:目的 探讨基于癌症基因组图谱(TCGA)/癌症成像档案馆(TCIA)的CT放射组学对膀胱癌(BLCA)经典致癌信号通路状态无创预测的价值。方法 从TCGA/TCIA公共数据库筛选的69例BLCA患者(训练队列55例,验证队列14例)回顾性地纳入本研究,并用于分析放射组学与P13K、RTK RAS、NOTCH以及TP53经典致癌信号通路状态的关系。基于增强...
没错,就是这样的,TCIA就是基于TCGA数据开发的,不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析。 看网站首页的介绍就知道,这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的。这里的20个癌种,点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种,侧边的栏目则提供一些个性化选择。
图不怎么好看，不过如果只是看一看还是可以的。生存分析模块，TCIA是根据中位表达值分组 进行的分析，提供HR和p值。03 Cell Fractions 这个模块提供不同免疫细胞比例的展示，Absolute和Relative表示免疫细胞的绝对数和相对数，是CIBERSORT的不同计算方法结果，同时在table栏提供快捷的搜索。04 Heterogeneity TCIA对每个样本...
TCGA数据库的挖掘工具 TCGA数据库的挖掘工具层出不穷,从数据下载到数据挖掘,这里marker整理一份官网的数据挖掘工具大全: http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储了TCGA病人