BraTS-TCGA-GBM数据集为多形性胶质母细胞瘤(GBM)分割数据,由多模态(如T1、T1-Gd、T2、T2-FLAIR)磁共振成像(MRI)体积数据(NIfTI格式)组成。由 102 个病人数据,607 个 images 组成,其中包括四种模态以及由GLISTRboost方法分割的标签和人工核对后的标签。 BraTS-TCGA-GBM 数据集提供了多形性胶质母细胞瘤(GBM)患...
首先进入TCGA下载数据GBM的RNA-seq和甲基化数据,从下表可见GBM共有172套RNA-seq数据以及437套DNA甲基化数据,由于TCGA提供Infinium HumanMethylation27 BeadChip和Infinium HumanMethylation450 BeadChip两种芯片平台的数据,为了避免后续不同芯片平台间数据合并的困难,仅下载HumanMethylation450的芯片数据,共计154套。 图表1TCGA...
"TCGA-GBM"]: dic[data[i]["submitter_id"]] = "Mutant" with open(mutant_path,"w") ...
TU-AB-BRA-11: Evaluation of Fully Automatic Volumetric GBM Segmentation in the TCGA-GBM Dataset: Prognosis and Correlation with VASARI Features. Medical physics. 2015; 42(6):3589-.Velazquez, E. R., Meier, R., Dunn Jr, W. D., Alexander, B., Wiest, R., Bauer, S., Gutman, D. A...
我认为用R下载TCGA上数据是最方便的,只是其中需要明确参数设置 (比如project, workflow.type等),才能正确地下载到满足自己需求的数据。 以下附上我使用的代码,用来下载TCGA上的GBM bulk RNA-seq数据。除此以外,中国脑胶质瘤基因组图谱(http://www.cgga.org.cn/download.jsp)也有提供GBM的bulk RNA-seq以及对应病...
H AertsAmerican Association of Physicists in MedicineMedical PhysicsVelazquez ER, Narayan V, Grossmann P, Dunn W, Gutman D, Aerts H. TU-CD-BRB-04: Automated Radiomic Features Complement the Prognostic Value of VASARI in the TCGA-GBM Dataset. Med Phys. 2015 Jun; 42(6):3603....
Analysis of TCGA gene expression data set in glioblastoma tumors that harbor mutation of EGFR or BRAF Ferguson,Cole,Luo,... - 《Journal of Neuropathology & Experimental Neurology Official Journal of the American Association of Neuropathologists Inc》...
首先进入TCGA下载数据GBM的RNA-seq和甲基化数据,从下表可见GBM共有172套RNA-seq数据以及437套DNA甲基化数据,由于TCGA提供Infinium HumanMethylation27 BeadChip和Infinium HumanMethylation450 BeadChip两种芯片平台的数据,为了避免后续不同芯片平台间数据合并的困难,仅下载HumanMethylation450的芯片数据,共计154套。
根据它们的免疫/基质分数分为高、低分数组,将TCGA GBM病例数据库进行分类,识别DEGs的表达与GBM患者的预后显著相关。功能富集分析和PPI进一步表明,这些基因主要参与免疫反应、细胞外基质和细胞粘附。 最后,在CGGA对这些基因进行验证。该研究得到了预测GBM患者预后不良的肿瘤微环境相关基因列表。. ...
2、TCGA数据库分析显示SAMSN1是GBM生存的危险因素。 3、大样本组织微阵列(TMA)分析SAMSN1在胶质瘤组织中的表达。 4、SAMSN1与TMA样本中胶质瘤疾病等级的关联。 5、SAMSN1与TMA中样本其它临床特征的关联分析。 6、分析SAMSN1是否为GBM生存的独立危险因素。