GEPIA1.0数据分析平台可分为3大模块:①肿瘤类型分析(Cancer Type Analysis);②单基因分析(Single Gene Analysis);③多基因分析(Multiple Gene Analysis)。 GEPIA2.0版多了一个模块:Custom Data Analysis 一、小云从单基因分析开始,详细讲讲各个部分的内容和结果 (1) 在搜索框中输入基因symbol或者基因名称,这里面输入...
所以这个标签页也可以说是做multiple gene analysis分析的。Gene A和Gene B可以手动输入,使用的是HGNC数据库的Gene Symbol,当然我试了一下,用ERBB2另外一个名字,Her2也能认出来。但是想含有希腊字母的其他基因,如NF-kB,b-catenin,还是推荐使用Gene symbol,避免出错。 Correlation analysis 到这里,单基因能做的分析...
目前常用的基因富集分析方法有超几何检验富集分析、Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)和Gene Set Variation Analysis (GSVA) (或功能类似的single sample Gene Set Enrichment Analysis (ssGSEA))。 如何从TCGA数据库中获得差异基因?我们从这里开始: 1.从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据 2....
DEA.gene<-TCGAanalyze_DEA(mat1=luad.exp,mat2=lusc.exp,metadata=FALSE,pipeline="limma",Cond1type="LUAD",Cond2type="LUSC",fdr.cut=0.01,logFC.cut=1) 总共识别出804个差异表达基因 ssGSEA single sample Gene Set Enrichment Analysis(ssGSEA) 是针对单个样本进行GSEA分析,其基因列表的排序方式和ES的...
GEPIA1.0数据分析平台可分为3大模块:①肿瘤类型分析(Cancer Type Analysis);②单基因分析(Single Gene Analysis);③多基因分析(Multiple Gene Analysis)。 GEPIA2.0版多了一个模块:Custom Data Analysis 一、小云从单基因分析开始,详细讲讲各个部分的内容和结果 ...
目前常用的基因富集分析方法有超几何检验富集分析、Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)和Gene Set Variation Analysis (GSVA) (或功能类似的single sample Gene Set Enrichment Analysis (ssGSEA))。 如何从TCGA数据库中获得差异基因?我们从这里开始: 从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据 TCGA...
Single Gene Analysis 顾名思义,单基因分析,纵观感兴趣的基因在不同肿瘤中的概况。和大部分数据库一样,输入基因名的时候会出现下拉菜单,方便准确定位基因名。我们以网站给出的示例基因ERBB2检索。也可以从网页右上角的GoPIA进入,然后从Quick Search处输入,进行检索。两种方法都会跳转到同样的界面下。
欧阳松/tcga_single_gene_analysis 加入Gitee 与超过 1200万 开发者一起发现、参与优秀开源项目,私有仓库也完全免费 :) 免费加入 已有帐号?立即登录 master 克隆/下载 git config --global user.name userName git config --global user.email userEmail ...
Single Gene Analysis 顾名思义,单基因分析,纵观感兴趣的基因在不同肿瘤中的概况。和大部分数据库一样,输入基因名的时候会出现下拉菜单,方便准确定位基因名。我们以网站给出的示例基因ERBB2检索。也可以从网页右上角的GoPIA进入,然后从Quick Search处输入,进行检索。两种方法都会跳转到同样的界面下。
进入MethSurv主页,我们可以看到该网站对于甲基化分析主要分为五个部分,Single CpG、Region based analysis、All cancers、Top biomarkers和Gene visualization,接下来一一介绍: 01 Single CpG 单个CpG位点的甲基化情况 网站提供了单个CpG位点的详细概述,并提供了选择基因组区域选项,将高低甲基化患者群体分为两类临界点。在...