“癌症基因组图谱”(TCGA)是由美国国家癌症研究所和国家人类基因组研究所2005年共同发起的癌症基因组计划,目前已经成为全世界最大的癌症基因数据库之一。 GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创...
众所周知,TCGA和GEO是最著名的两大公共数据库,前者主要存储高通量(二代测序)数据的肿瘤样本数据,后者GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,论文中涉及到的基因表达检测的数据几乎都提交到了这个数据库。 GEO除了二代测序数据,还包含芯片测序、单细胞...
“癌症基因组图谱”(TCGA)是由美国国家癌症研究所和国家人类基因组研究所2005年共同发起的癌症基因组计划,目前已经成为全世界最大的癌症基因数据库之一。 GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量...
“癌症基因组图谱”(TCGA)是由美国国家癌症研究所和国家人类基因组研究所2005年共同发起的癌症基因组计划,目前已经成为全世界最大的癌症基因数据库之一。 GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量...
GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,基因芯片表达数据等等,论文中涉及到的基因表达检测的数据几乎都提交到了这个数据库。
GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,基因芯片表达数据等等,论文中涉及到的基因表达检测的数据几乎都提交到了这个数据库。
data.type = "Gene expression quantification", platform = "Illumina HiSeq", file.type = "normalized_results", experimental.strategy = "RNA-Seq", barcode = c("TCGA-14-0736-02A-01R-2005-01", "TCGA-06-0211-02A-02R-2005-01"),
database of Single Nucleotide Polymorphisms(dbSNP)是一个由美国国立卫生研究院(NIH)维护的数据库,专注于收集人类基因组中的单核苷酸多态性(SNP)信息。这些多态性是人类基因组中单个核苷酸的变异,它们在人群中的频率较高,并可能影响个体...
database of Single Nucleotide Polymorphisms(dbSNP)是一个由美国国立卫生研究院(NIH)维护的数据库,专注于收集人类基因组中的单核苷酸多态性(SNP)信息。这些多态性是人类基因组中单个核苷酸的变异,它们在人群中的频率较高,并可能影响个体的生理特征、疾病易感性等。
eHeatmap of gene expression profiles of human ESCC cases (n = 90) from TCGA database. fPearson correlation analysis shows tight association of CCL2 with CCR2 and PD-1. gGene set enrichment analysis (GSEA) between group high (n = 52) and low (n = 38) of CCL2 expressio...