#创建新的一列OS.time,如果vital_status列是Alive,就用days_to_last_follow_up数据填充,如果vital_status列是Dead,就用days_to_death数据填充。 #创建一个OS列,生存用0表示,死亡用1表示。 clin_merge <- clin_time %>% dplyr::mutate(OS.time = case_when(vita
1.登录TCGA数据库网站https://portal.gdc.cancer.gov/ 2.点击Explore our cancer datasets 3.点击Proje...
首先,下载官方下载器:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool;往下拉,找到下载位置,直接下载即可 下载后,我的放置位置如下图,这个很重要 其次,回到TCGA购物车页面,下载目录文件,这个可以直接下载的,然后也要记住放置位置 最后,打开cmd,使用命令行来下载文件就可以了,具体的参考 https://blog....
是先下载了clinical.json和metadata。 由于从TCGA上下载数据的速度不快,自己的电脑也没有办法保存太多的数据,所以先根据Metadata和clinical中的内容对需要下载的file进行了筛选。 1. 写一个类,和一些属性 classGetData:def__init__(self,pro_name,ip_url):self.clinical_path='clinical/'#clinical数据存放地址self....
TCGA_clin2 <- TCGA_clin%>%dplyr::select(ID,OS,OS.time,Age,Gender,Stage,pT,pN,pM,cT,everything()) #临床数据与表达数据合并x<- intersect(TCGA_clin2$ID,colnames(logtpm))TCGA_clin2 <- TCGA_clin2[TCGA_clin2$ID%in%x,]count <- count...
GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 该软件是一个命令行工具,支持windows, linux, mac OS多种操作系统,可以通过以下两种方法来下载文件...
importos defget_name(file_in): name_list= [] forlineinfile_in: if'TCGA'inline: name_list.append(line.strip().split('(')\ [1].split(')')[0]) returnname_list 第二个函数是把下载地址补充完整,实现下载过程。首先看你需要的数据是哪几类,把网址里的文件名放在一个列表里。这里数据文件名和...
gdc-client 下载TCGA数据 最近GDC网站的API接口不太稳定,导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接,下载不了数据。遇到这种情况,只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下: 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可...
importos defget_name(file_in):name_list=[]forlineinfile_in:if'TCGA'inline:name_list.append(line.strip().split('(')\[1].split(')')[0])returnname_list 第二个函数是把下载地址补充完整,实现下载过程。首先看你需要的数据是哪几类,把网址里的文件名放在一个列表里。这里数据文件名和含义的对应...
•• OS:Linux(Ubuntu14.xorlater),OSX(10.9Mavericksorlater),orWindows(7orlater)CPU:Atleasteight64-bitcores,IntelorAMDRAM:Atleast8GiB •Storage:Enterprise-classstoragesystemcapableofatleast1Gb/s(gigabitpersecond)writethroughputandsufficientfreespaceforBAMfiles.AccessingBuilt-inHelp:./gdc-clientusage...