TCGA中癌症类型的缩写 一、背景介绍 TCGA（The Cancer Genome Atlas）是一个旨在研究和解析人类癌症基因组的国际性合作项目。该项目整合了来自不同肿瘤类型的大规模基因组测序数据，提供了对癌症发生和发展机制的深入理解。在TCGA研究成果中，每种癌症类型都有其对应的缩写，本文将对这些缩写进行介绍和解读。二、常见...
#表达矩阵整理完成,保存数据: exp<- exp8#行名symbol的KIRC表达矩阵 exp_match<- exp4#行名ENS,有symbol对应关系列的KIRC表达矩阵 save(exp, exp_match, file = c("01_exp.Rdata")) #清空工作空间,准备临床信息整理 rm(list=ls) 二、临床信息整理与清洗 整理目标: 1. 筛选出所需临床信息(年龄、性别、...
得到的count_matrix矩阵即为我们所需要的KIRC表达量矩阵。 其中每一列为一个样本,每一行为一个基因,我们看到共计56602个基因(包括mRNA和lncRNA等),611个样本(包括肿瘤和癌旁样本) 第三节:TCGA数据库的TPM计算 setwd("D:\\Originaldata\\GRCH\\Homo_sapiens.GRCh38.90")load("gtf_df.Rda")test<- gtf_df[...
#表达矩阵整理完成,保存数据: exp<- exp8#行名symbol的KIRC表达矩阵 exp_match<- exp4#行名ENS,有symbol对应关系列的KIRC表达矩阵 save(exp, exp_match, file = c("01_exp.Rdata")) #清空工作空间,准备临床信息整理 rm(list=ls) 二、临床信息整理与清洗 整理目标: 1. 筛选出所需临床信息(年龄、性别、...
Case study 4: Elmer pipeline - KIRC 这4个案例,相当于是把前面的指定基因或者癌症去下载TCGA数据库文件,以及各式各样的分析和可视化步骤串联起来了。 当然了,因为这个TCGAbiolinks包的出名,也有很多其它团队给出自己的实例,比如:https://cran.r-project.org/web/packages/GeoTcgaData/readme/README.html ...
在这些基因中,8个假定的DDR驱动基因是癌症类型所特有的,18个基因仅被鉴定为PanCanAtlas分析的一部分。在对一种或多种癌症类型的分析以及PanCanAtlas分析中,确定了其余23个可能的驱动基因(表S2)。例如,与VHL形成复合物的TCEB1基因被鉴定为...
KIRC 肾肾透明细胞癌 KIRP 肾肾乳头状细胞癌 LAML 急性髓系白血病 LGG 脑低级胶质瘤 LIHC 肝细胞癌 LUAD 肺腺癌 LUSC 肺鳞状细胞癌 MESO 间皮瘤 OV 卵巢浆液性囊腺癌 PAAD 胰腺癌 PCPG嗜铬细胞瘤和副神经节瘤 PRAD 前列腺癌 阅读直肠腺癌 SARC肉瘤 SKCM 皮肤皮肤黑色素瘤 STAD 胃腺癌 TGCT ...
kidney clear cell renal cell carcinoma (KIRC, n = 72), kidney renal papillary cell carcinoma (KIRP, n = 32), liver hepatocellular carcinoma (LIHC, n = 50), lung adenocarcinoma (LUAD, n = 57), lung squamous cell carcinoma (LUSC, n = 51), ...
肾透明细胞癌肿瘤微环境预后模型免疫治疗目的 构建和验证肾透明细胞癌(kidney clear cell carcinoma, KIRC)的免疫相关预后模型在临床风险分层和预后预测的应用价值,探索肿瘤免疫微环境的特征.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)和国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium, ICGC)下载...
KIRC 肾透明细胞癌 KIRP 乳头状肾细胞癌 LAML 骨髓癌 LIHC 肝癌 LUAD 肺腺癌 LUSC 肺鳞状细胞癌 MESO 胸膜癌 OV 卵巢癌 PAAD 胰腺癌 PCPG 肾上腺癌 PRAD 前列腺癌 READ 直肠癌 SARC 软组织癌 SKCM 皮肤癌 STAD 胃癌 TGCT 睾丸癌 THCA 甲状腺癌 THYM 胸腺癌 UCEC 子宫内膜癌 UCS 子宫癌 UVM 眼癌 这样...