KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP Kidney renal papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML Acute Myeloid Leukemia 急性髓细胞样白血病 LGG Brain Lower Grade Glioma 脑低级别胶质瘤 LIHC Liver hepatocellular carcinoma 肝细胞肝癌 LUAD Lung adenocarcinoma 肺腺癌 LUSC Lung squamous ce...
#表达矩阵整理完成,保存数据: exp<- exp8#行名symbol的KIRC表达矩阵 exp_match<- exp4#行名ENS,有symbol对应关系列的KIRC表达矩阵 save(exp, exp_match, file = c("01_exp.Rdata")) #清空工作空间,准备临床信息整理 rm(list=ls) 二、临床信息整理与清洗 整理目标: 1. 筛选出所需临床信息(年龄、性别、...
1.原本GDC-client下载的转录组数据文件格式后缀为.gz,更新后后缀为.tsv; 2.除了格式不同,文件内存放的数据及组织形式也发生了改变。 确实,TCGA悄悄在四月初更新了,但全新的组织方式对于我们来说是更佳便捷的! 一、以TCGA-KIRC为例,进行新版TCGA-KIRC数据下载与整理 第一步,下载临床和表达矩阵 1.下载gdc-client...
Case study 4: Elmer pipeline - KIRC 这4个案例,相当于是把前面的指定基因或者癌症去下载TCGA数据库文件,以及各式各样的分析和可视化步骤串联起来了。 当然了,因为这个TCGAbiolinks包的出名,也有很多其它团队给出自己的实例,比如:https://cran.r-project.org/web/packages/GeoTcgaData/readme/README.html 扩展:分...
临床信息需要进一步整理,成为生存分析需要的格式,新临床信息数据命名为meta。 由于不同癌症的临床信息表格列名可能不同,这里的代码需要根据实际情况修改。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 rm(list=ls()) proj = "TCGA-KIRC" load(paste0(proj,".Rdata")) library(stringr) ...
kidney clear cell renal cell carcinoma (KIRC, n = 72), kidney renal papillary cell carcinoma (KIRP, n = 32), liver hepatocellular carcinoma (LIHC, n = 50), lung adenocarcinoma (LUAD, n = 57), lung squamous cell carcinoma (LUSC, n = 51), ...
KIRC kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 THYM thymoma 胸腺瘤 正常样本只有两个 PCPG pheochromocytoma and paraganglioma 嗜铬细胞瘤和副神经节瘤 正常样本只有三个 SARC sarcoma 肉瘤 miRNA数据中没有正常样本 LAML acute myeloid leukemia 急性髓性白血病 没有正常样本 TGCT testicular germ cell tumors...
KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP Kidney renal papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML Acute Myeloid Leukemia 急性髓细胞样白血病 LGG Brain Lower Grade Glioma 脑低级别胶质瘤 LIHC Liver hepatocellular carcinoma 肝细胞肝癌 LUAD Lung ade...
2.准备数据 本示例的数据是TCGA-KIRC的miRNA表达矩阵。tcga样本编号14-15位是隐藏分组信息的,详见: 准考证号,身份证号码,TCGA样本条形码的区别 这里需要注意的是miRNA也是测序拿到的表达矩阵,所以分析等同于RNA-seq得到表达矩阵,一定要跟芯片数据分析区分开来哦 rm(list = ls()) load("tcga_kirc_exp.Rdata")#...
TCGA是由National Cancer Institute ( NCI, 美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute (NHGRI, 国家人类基因组研究所) 合作建立的癌症研究项目,通过收集整理癌症相关的各种组学数据,提供了一个大型的,免费的癌症研究参考数据库。 官方提供了对应的下载工具Genomic Data Commons Datga Portal, ...