1.打开TCGA网站，输入需要下载的肿瘤类型 2.点击WXS后面的数字51 3.点击左上角File 4.选择WXS，Masked...
gbm.exp <- get_count("TCGA-GBM") lgg.exp <- get_count("TCGA-LGG") dataPrep_GBM <- TCGAanalyze_Preprocessing( object = gbm.exp, cor.cut = 0.6, datatype = "raw_count" ) dataPrep_LGG <- TCGAanalyze_Preprocessing( object = lgg.exp, cor.cut = 0.6, datatype = "raw_count" ) # ...
包括BRCA、COADREAD、GEA、KIRCKICH、KIRP、LGGGBM、LUAD、LUSC、OV和UCEC在内的十种癌症类型的数据是通过两代Infinium芯片生成的,即较旧的HumanMethylation27(HM27)和较新的HumanMethylation450(HM450:396,065个特征)。 因此,我们使用了包含22,601个特征的合并HM27-HM450数据矩阵,这些特征在HM27和HM450平台之间共享。
GBM glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 HNSC head & neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH kidney chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIRC kidney clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 LGG brain lower ...
提供了一种颜色代码来表示在年龄和基因突变之间存在关联的癌症类型。。g热图显示GBM和LGG中与年龄相关的突变。样品按年龄分类。颜色代表突变的类型。正确的注释图例指示随年龄变化,增加或减少突变的方向。样品的突变负担显示在热图上。表1提...
GBM Glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 GBMLGG Glioma 胶质瘤 HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH Kidney Chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIPAN Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) 混合肾癌 KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP Kidney renal papillary cell...
在基因表达与可变剪切间发现一些相似之处:比如,GBM(多形成性胶质细胞瘤)、LGG(脑低级别胶质瘤)与PCPG(嗜铬细胞瘤和副神经节瘤)聚类在一起。 在基因表达与可变剪切间间发现的差异:子宫癌肉瘤(UCS),葡萄膜黑色素瘤(UVM),间皮瘤(MESO...
在经过 UCSC 处理 GTEx 中,Brain 分为 13 个组织 1148 个样本,但 GEPIA2 将他们分成了由 207+945=1152 两组,那么哪些是可以作为 LGG 或 GBM 的对照的呢? 从TCGA 中下载 LGG 的临床数据,可得都来源于额叶、顶叶、颞叶和枕叶四个脑叶,也就是说都来源于大脑 (Cerebrum), 因此我们要找的也是 Cerebrum. ...
2.1TCGA数据库中筛选胶质瘤不同分级GBM和LGG转录组数据 GBM转录组数据筛选 TCGA数据库中收录了GBM病例共有617例,本研究通过如下设定进一步筛选数据:本研究通过如下设定进一步筛选数据:(1)Primary size: Brain;(2)Project: TCGA-GBM;(3)Disease Type: Gliomas;(4)Vital status: dead,alive,下载转录组HTSeq-Counts...
GBM glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 HNSC head & neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH kidney chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIRC kidney clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 ...