很多文章对于TCGA中的一些癌症都是联合分析的,比如TCGA-COAD和TCGA-READ,首先是它们的疾病特点和治疗方式存在很多相似之处,同时这样做也可以增大样本量。 如果你是使用TCGAbiolinks包下载的数据,那么它们的合并超级简单,直接cbind()即可! 加载数据和R包 数据都是之前下载好的,可以参考之前的推文: 新版TCGAbiolinks包学习...
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load(file = "./TCGA-mRNA/TCGA-COAD_mRNA.Rdata") coad <- data # READ load(file = "./TCGA-mRNA/TCGA-READ_mRNA.Rdata") read <- data 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 合并数据 现在coad和read都是SummarizedExperiment对象,并且具有相同的行和行名: coad ## Loading required package: Su...
下面我们用TCGA-COAD和TCGA-READ的甲基化数据再做一次演示,从IDAT文件开始。 有了这个结果之后,你就可以去做各种联合分析~ 太长不看版 下面的步骤都是在服务器上做的,因为一共有812个样本,至少需要64+G的内存,一般的个人电脑就不要尝试了,需要这个分析结果的可以私聊我,有偿获取! 去掉日志文件就是做了以下几...
TCGA 不同癌症 COAD READ 请问大家,TCGA中的不同癌症数据可以放一起分析吗,比如结直肠癌,把TCGA-COAD和TCGA-READ的数据合在一起分析
该平台对TCGA的数据进行整理并提供便捷的下载,38种数据集中还有类似COADREAD这种并不会在TCGA中直接存在但是临床也比较关注的数据。 Fire Browse其实相当于是FireHouse的浏览器,FireHouse是数据的存储站。该平台主要提供基于RSEM软件的4大类数据,包括基因的表达数据,isoforms的归一化后的表达数据,外显子定量表达数据,以及...
Tissue DNA methylation data were obtained from the TCGA (TCGA, TCGA-COAD, and TCGA-READ). 以及正常人的血液的甲基化信号值作为对照: Whole-blood DNA methylation profiles from healthy donors were generated in an aging study (GSE40279) 上面的两个队列是为了确定直肠癌特异性甲基化位点,做的是差异分析...
胃肠道肿瘤(ESCA、COAD、STAD和READ)、HNSC和GBM中观察到核心DR、HR和MMR通路基因的频繁沉默。 DLBCL(淋巴肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤)和UCEC(MGMT+ALKBH3沉默分别>60%和>40%)中DR通路的频繁沉默。 SKCM(皮肤黑色素瘤)、ACC(肾上腺皮质癌...
| COAD | Colon adenocarcinoma | 结肠癌 | | COADREAD | Colon adenocarcinoma/Rectum adenocarcinoma Esophageal carcinoma | 结直肠癌 | | DLBC | Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | | ESCA | Esophageal carcinoma | 食管癌 | ...
5.这里我们以结肠癌COAD和直肠癌READ为例,下载临床信息,首先选择样品信息“Cases”,我们这里选择的结肠癌COAD和直肠癌READ的所有信息,如果需要下载针对性的临床信息(这里我们选择结肠癌COAD和直肠癌READ的数据进行下载)可以在下拉框中自行选择 6.然后选择需要下载的文件“Fil...