other_dx可能包含有关患者其他诊断或合并症的信息。这个字段通常用于记录除了主要研究癌症之外的其他临床诊...
> clinical[,1:6] bcr_patient_barcode additional_studies tumor_tissue_site tumor_tissue_site_other other_dx gender 1 TCGA-3C-AAAU NA Breast NA No FEMALE 2 TCGA-4H-AAAK NA Breast NA No FEMALE 获取用药信息 > clinical.drug <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "drug") > clinical.d...
age_at_initial_pathologic_diagnosis首次诊断时的年龄,说白了,就是发病年龄 anatomic_neoplasm_subdivision肿瘤的位置(胃的各个位置都是有自己的名字,详情见图示) anatomic_neoplasm_subdivision_other基本类似于上述(肿瘤的位置) antirefux_treatment antirefux_treatment_types-antirefux_treatment_type ...
21、,number_of_relatives_with_stomach_cancer,家属患胃癌的数量,other_dx,其他家族史,patient_death_reason,患者死亡原因,patient_id,患者的ID,person_neoplasm_cancer_status,目前患者的肿瘤情况(有瘤?无瘤?),primary_lymph_node_presentation_assessment,是否有淋巴结转移的检测,primary_therapy_outcome_success,治疗...
TCGAbiolinks下载的SummarisedExperiment对象中的临床数据是indexed clinical data,但是和直接使用GDCquery_clinic得到的临床信息(这个也是indexed clinical data)不太一样,并且还会添加一些从相关文献中得到的信息(这部分信息会添加paper_前缀)。 从SE对象中提取的临床信息 ...
tumor_event-new_neoplasm_event_types-new_neoplasm_event_typenew_tumor_events-new_tumor_event-progression_determined_by_listnew_tumor_events-new_tumor_event_after_initial_treatmentnumber_of_lymphnodes_positive_by_henumber_of_lymphnodes_positive_by_ihcnumber_of_relatives_with_stomach_cancerother_dx...
LATINO"other_dx"No"history_of_neoadjuvant_treatment"No"person_neoplasm_cancer_status"TUMOR FREE"vital_status"Alive"days_to_last_followup"874"days_to_death""radiation_therapy"NO"postoperative_rx_tx"NO"post_op_ablation_embolization_tx"NO"stage_event"IIb"primary_pathology"Anterior MediastinumThymoma; ...
TCGAbiolinks还提供了⼀些⽤于查询、下载和解析临床数据的函数，GDC数据库中的包含多种不同的临床信息，主要包括：indexed clinical: 使⽤XML⽂件创建的精炼临床数据 XML: 原始临床数据 BCR Biotab: 解析XML⽂件之后的tsv⽂件 indexed信息和XML原始数据之间的区别主要有两个：XML包含的信息更多，如放疗、药物...
国家科技图书文献中心 (权威机构) academic.oup.com EBSCO 万方医学 dx.doi.org 查看更多 参考文献 引证文献Detecting differential gene expression with a semiparametric hierarchical mixture method Mixture modeling provides an effective approach to the differential expression problem in microarray data analysis. Me...
Clinical_data.primary_neoplasm_melanoma_dx clinical_data.primary_neoplasm_melanoma_dx 文本指示符,表示一个人是否对黑色素瘤有初步诊断。 Text indicator to signify whether a person had a primary diagnosis of melanoma. Clinical_data.primary_therapy_outcome_success ...