CESC cervical & endocervical cancer 宫颈鳞癌和腺癌 CHOL cholangiocarcinoma 胆管癌 COAD colon adenocarcinoma 结肠癌 DLBC diffuse large B-cell lymphoma 弥漫性大B细胞淋巴瘤 ESCA esophageal carcinoma 食管癌 GBM glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 HNSC head & neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞...
#https://xenabrowser.net/datapages/ 这是他的主页面 这里小果使用宫颈癌示例数据去演示,宫颈癌在TCGA数据库中是CESC我们找到这个 点击进入 这里面就是他的数据了,我们主要使用的呢就是counts数据还以FPKMS数据,这里就展示Counts数据的处理,FPKM数据和counts数据处理形式是一样的, 我们点击进入 这里就会有他的信息...
首先我们要从TCGA中下载CESC的临床信息,在TCGA中搜索CESC,选择TCGA-CESC。 选择miRNA样本,点击307这个超链接。 任意选择一个样本,点击进入。 选择clinical,点击10这个超链接。 点击nationwidechildrens.org_clinical_patient_cesc.txt 进入 点击Download下载,里面就包含所有样本的临床信息 解压到当前文件夹 用excel打开natio...
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counts1 = read.table(file = 'TCGA-CESC.htseq_counts.tsv', sep = '\t', header = TRUE) 得到一下的矩阵 我们需要对矩阵进行处理,将第一列放在文本框中 rownames(counts1) <- counts1[,1] #Alt <- #x <- counts1[,1:3] counts1 = counts1[,-1] ...
今天小编就带大家来重现这个过程。首先我们要从TCGA中下载CESC的临床信息,在TCGA中搜索CESC,选择TCGA-CESC。 选择miRNA样本,点击307这个超链接。 任意选择一个样本,点击进入。 选择clinical,点击10这个超链接。 点击nationwidechildrens.org_clinical_patient_cesc.txt进入 ...
CESC 宫颈鳞状细胞癌 CHOL 胆癌 COAD 结肠癌 DLBC 淋巴癌 ESCA 食管癌 GBMLGG 脑癌 HNSC 头颈部鳞癌 KICH 嫌色细胞癌 KIRC 肾透明细胞癌 KIRP 乳头状肾细胞癌 LAML 骨髓癌 LIHC 肝癌 LUAD 肺腺癌 LUSC 肺鳞状细胞癌 MESO 胸膜癌 OV 卵巢癌 PAAD 胰腺癌 ...
Cohort英文名称中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌 BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌 CESC Cervical squamo
ACC 肾上腺皮质癌、BLCA 膀胱尿路上皮癌、BRCA 乳腺癌、CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌;CRC 结直肠癌、HLM 血淋巴样恶性肿瘤,HN/ESCC 头颈部鳞状癌和食管鳞状细胞癌,LIHC 肝癌,LUAD 肺癌,LUSC 肺鳞状细胞癌,MESO 间皮瘤,PAAD 胰腺癌,PRAD 前列腺癌,SKCM 皮肤黑色素瘤,TGCT 睾丸生殖细胞肿瘤,THCA 甲状腺...
Cohort英文名称中文名称 ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌 BLCABladder Urothelial Carcinoma膀胱尿路上皮癌 BRCABreast invasive carcinoma乳腺浸润癌 CESCCervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma宫颈鳞癌和腺癌 CHOLCholangiocarcinoma胆管癌 ...