TCGA-CESC 子宫颈腺癌CT影像数据TCGA-CESC 癌症CT影像数据,旨在对各种类型的癌症诊治过程进行全程数字化的跟踪,以数字档案的形式记录检查结果、处方和疗效。癌子宫颈腺癌 医学健康 公开数据集
而且GDC官网是针对TCGA数据库的每个癌症的每个病人的不同数据分开存放,每次都是批量下载后,整理合并的。但是我们前面的在线接口,去cbioportal或者FireBrowse都是以癌症为单位下载不同数据集。包括后面分享的: 使用R包RTCGA把TCGA数据本地化 使用MultiAssayExperiment结构探索TCGA数据 都是如此,以癌症为单位拿到数据集后,进...
首先我们要从TCGA中下载CESC的临床信息,在TCGA中搜索CESC,选择TCGA-CESC。 选择miRNA样本,点击307这个超链接。 任意选择一个样本,点击进入。 选择clinical,点击10这个超链接。 点击nationwidechildrens.org_clinical_patient_cesc.txt 进入 点击Download下载,里面就包含所有样本的临床信息 解压到当前文件夹 用excel打开natio...
使用200 个选定的探针进行癌症类型预测的验证集 (n=78) 的混淆矩阵。正确预测样本的百分比用绿色突出显示;错误分类的样本用粉红色突出显示。真正的组织学/预测的组织学分别在行/列中列出。ACC 肾上腺皮质癌、BLCA 膀胱尿路上皮癌、BRCA 乳腺癌、CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌;CRC 结直肠癌、HLM 血淋巴样恶性...
通过R包RTCGAToolbox链接FireBrowse来探索TCGA等公共数据 主要是因为GDC官网虽然权威,但是太复杂了,不利于初学者。而且GDC官网是针对TCGA数据库的每个癌症的每个病人的不同数据分开存放,每次都是批量下载后,整理合并的。但是我们前面的在线接口,去cbioportal或者FireBrowse都是以癌症为单位下载不同数据集。包括后面分享的:...
总体而言,我们建议在33种癌症类型中的13种不加保留地使用全部四种端点:膀胱尿路上皮癌(BLCA),宫颈鳞状细胞癌(CESC),结肠腺癌(COAD),食管癌(ESCA),头颈部鳞状细胞癌细胞癌(HNSC),肾肾乳头状细胞癌(KIRP),肺腺癌(LUAD),LUSC,OV,胰腺癌(PAAD),肉瘤(SARC),胃腺癌(STAD)和子宫体子宫内膜癌(UCEC) 。相反,在...
33种癌当中的13种适用全部4个终点站:膀胱尿路上皮癌(BLCA)、睾丸上皮细胞线粒体癌(CESC)、肺癌(COAD)、食管癌(ESCA)、多毛上皮细胞线粒体癌(HNSC)、肾状线粒体癌(KIRP)、呼吸系统胰脏(LUAD)、LUSC、OV、胰胰脏(PAAD)、肉疣(SARC)、胃胰脏(STAD)和乳房内膜癌(UCEC)。相反,很难一个终点站的有嗜铬线...
使用 200 个选定的探针进行癌症类型预测的验证集 (n=78) 的混淆矩阵。正确预测样本的百分比用绿色突出显示;错误分类的样本用粉红色突出显示。真正的组织学/预测的组织学分别在行/列中列出。ACC 肾上腺皮质癌、BLCA 膀胱尿路上皮癌、BRCA 乳腺癌、CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌;CRC 结直肠癌、HLM 血淋巴样...
这是他的主页面 这里小果使用宫颈癌示例数据去演示,宫颈癌在TCGA数据库中是CESC我们找到这个 点击进入 这里面就是他的数据了,我们主要使用的呢就是counts数据还以FPKMS数据,这里就展示Counts数据的处理,FPKM数据和counts数据处理形式是一样的, 我们点击进入 ...
这里用到的癌症是:宫颈鳞状细胞癌CESC(临床307个样本,基因表达有304个样本) 1.TCGA数据库下载宫颈鳞状细胞癌数据首先需要合并差异基因...内容就比较多,首先要从TCGA数据库下载基因表达数据,然后用perl脚本合并所有样本的表达矩阵,得到矩阵之后,要对ID进行转换,TCGA数据库用的是ensmbol ID,需要转换gene symobl...