导航栏如图分为Cases和Files两部分,Cases的筛选条件有Case ID、Primary Site、Program、Project、Disease Type、Gender、Age at Diagnosis、Vital Status、Days to Death、Race、Ethnicity;Files的筛选条件有Data Category、Data Type、Experimental Strategy、Workflow Type、Data Format、Platform、Access。 在网页上方会显示...
这里建议是,下载转录组层面的数据使用hg38,下载DNA层面的数据使用hg19,因为比如做SNP分析的时候很多数据库没有hg38版本的数据,都是hg19的。 (6)access 数据开放和不开放,有两个参数:controlled, open。 (7)platform 这里涉及到的平台种类非常多,可以具体去官网看每种数据都有什么平台的可以下载。这个参数可以省略不...
TCGA的生成的数据被分为两个层级,即open access及controlled access。Open access开放访问,存储的数据不能被汇总产生一个对于个体来说是独一无二的数据集。这一层级不需要用户的认证去访问数据。而Controlled access受约束的访问,网站把临床数据和潜在地能用来识别单独个体的唯一个体信息保护起来,这一层级需要用于的认证...
TCGA数据主要分为controlled-access和uncontrolled-access的数据,前者需要拥有申请的账号才可以下载。分别讲一下它们的下载方式。 uncontrolled-access: 打开TCGA界面, 点击Launch Data Portal ,进入选择界面,在这里,可以选择癌症的类型,数据的类型等标准特征。
数据库中的数据是有层级划分(Level1—Level3)的,正常情况下普通用户能够获取的数据为Level3,Level1和Level2为controlled-access(限制下载),想获取需要申请权限。 每个等级的数据具体为: Level1:测序原始数据(Fasta、Fastq等); Level2:经比对Bam文件; Level3:经处理及标准化后数据。
(其中level1和level2为controlled-access,level1和level2 是原始数据,文件较大且数据粗糙不利于进一步分析,level-3有部分是controlled-access,数据类型为controlled-access的数据需要向TCGA申请使用权限,数据类型为open-access的可以直接下载利用)若要下载需要使用官方提供的小工具: 更多关于数据的介绍:https://gdc.cancer...
(6)access 数据开放和不开放,有两个参数:controlled, open。 (7)platform 这里涉及到的平台种类非常多,可以具体去官网看每种数据都有什么平台的可以下载。这个参数可以省略不设置。 (8)file.type 主要是在GDC Legacy Archive下载数据的时候使用,可以参考官网说明。在GDC Data Portal下载数据,该参数省略不设置。 (...
(其中level1/2为controlled-access,level-3有部分是controlled-access,这一类型的需要向TCGA申请使用权限) level-1/2 比较糙,文件较大,若要下载需要使用官方提供的小工具:GDC Data Transfer Tool, 需要自己重新比对来call mutation, 或者提取count data做差异表达分析(懒人表示不怎么用) ###最常用的为level3数据...
在非外显子区域(如内含子、5'或3' UTR)中的变异在TCGA中属于controlled-access ,在缺乏足够正常深度覆盖的位点或在正常panel中发现的变异,由于被认为是可能的生殖系变异,因此被从open-access存取中去除。经过以上标准,最终约4,000,000个变异在open-access。所有突变结果保存为一个MAF文件 TCGA 13年发表一篇12类泛...
PS:数据库中的数据是有层级划分(Level1—Level3)的,正常情况下普通用户能够获取的数据为Level3,Level1和Level2为controlled-access(限制下载),想获取需要申请权限。 每个等级的数据具体为:Level1:测序原始数据(Fasta、Fastq等);Level2:经比对Bam文件;Level3:经处理及标准化后数据。 因此,我们直接使用Level3即可,目...