第一步,打开TCGA网址:https://portal.gdc.cancer.gov 第二步,点击导航栏最右侧的 Repository,进入仓库 第三步,点击左侧导航栏的 Cases后,找到 Program项目中的 TCGA,再找到 Project 中的ACC 第四步,点击左侧导航栏的 Files后,按照下图所示,分别选择选项 此时,我们会看见我们所选择的筛选条件显示在右侧,并且也能...
sapply(projects,function(project){# 查询query<-GDCquery(project=project,data.category="Transcriptome Profiling",data.type="Gene Expression Quantification",workflow.type="STAR - Counts")# 下载GDCdownload(query,method="api",files.per.chunk=100)#每次下载100个文件# 整理GDCprepare(query,save=T,save.fil...
接下来projects,这里就是展示数据的地方啦(通过筛选限定癌种后,可看到这个project有收录mRNA-seq数据、甲基化数据等等。。下载数据不是在这里哦)~刚才提到这里收录的不仅是TCGA数据,还有NCI的其它project数据,这里以TCGA-BRCA乳腺癌为例,在左侧筛选数据中,program选择TCGA,然后再选择BRCA乳腺癌。 点击TCGA-BRCA,就弹出...
那如何通过鼠标点击实现下载呢?首先进入FireHouse主界面,如下: 8、点击第一个Data 下面的Browse,便进入肾上腺皮质癌的数据展示界面,会出现下面的界面。 注:看到FireBrowse是不是有一种莫名的熟悉感?红色框框内部便是看到的for ACC,ACC是对肾上腺皮质癌的简写。9、点击mRNAseq 10 、看到了有上述5类数据: illuminahi...
TCGAbiolinks不仅是数据下载,它能访问、下载全部的TCGA数据(除了受限制的),用它下载的数据是最新最全的!这和直接去GDC官网,使用网页下载的方式是一样的。 除了常规的转录组数据,还包括甲基化数据、SNP数据、突变数据、临床数据等多种数据类型,还能进行数据分析,比如差异分析、生存分析、聚类等,除此之外,它也具有强大...
1、ACC腺样囊性癌;2、BLCA 膀胱癌;3、BRCA 乳腺癌;4、CESC 宫颈鳞状细胞癌;5、CHOL 胆癌;6、COAD 结肠癌;7、DLBC 淋巴癌;8、ESCA 食管癌;9、GBM 脑癌;10、LGG 脑癌;11、HNSC 头颈部鳞癌;12、KICH嫌色细胞癌;13、KIRC肾透明细胞癌;14、KIRP乳头状肾细胞癌;15、LAML 骨髓癌;16、LIHC 肝癌;17、LUAD...
可以使用TCGAbiolinks:::getProjectSummary(project)查看project中有哪些数据类型,如查询"TCGA-ACC",有7种数据类型,case_count为病人数,file_count为对应的文件数。下载表达谱,可以设置data.category="Transcriptome Profiling": > TCGAbiolinks:::getProjectSummary("TCGA-ACC")$data_categories case_count file_count ...
func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ; func_data__type: clinical ; func_download__method: api ; nested_function: TRUE ; run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ; run_read_file: FALSE ; run_add__res__dir: FALSE ; ...
可以看到,这个时候一个是基因的id,一个是基因的名字,需要进行继续转换后进行匹配! 如果你不知道 TCGA-ACC.htseq_counts.Rdata 文件,去看前面的系列教程哦!前面的泛癌目录是: estimate的两个打分值本质上就是两个基因集的ssGSEA分析 针对TCGA数据库全部的癌症的表达量矩阵批量运行estimate ...
那我们就先来认识一下FireHouse,我们主要关注SNP数据下载。 1. 首先我们进入FireHouse主界面,如下: 点击第一个Data 下面的Browse,便进入肾上腺皮质癌的数据展示界面,会出现下面的界面。 看到了FireBrowse是不是有一种莫名的熟悉感?红色框框内部便是我们看到的for ACC,ACC是对肾上腺皮质癌的简写。